Im Jahr 1598, während des Umzugs des Klosters an einen neuen Ort, wurde ein hoher achteckiger Holzglockenturm erbaut, auf den die Glocken aus dem alten Kloster übertragen wurden. Die größte von ihnen, die Blagowestnaja, wog 76 Pud. Auf dem Glockenturm wurden auch Turmuhr mit Schlag installiert.

In den 1630er Jahren, während des Baus der Steinkathedrale, wurde ein dreigeschossiger Backsteinglockenturm mit einem Lagerraum unten und einer Glockenplattform unter dem Zeltdach errichtet. Im 17. Jahrhundert befanden sich dort 11 Glocken, aber im Jahr 1701 wurden auf Befehl von Peter I. drei Glocken nach Moskau zur Umformung in Kanonen geschickt. Im Jahr 1704 informierte der Archimandrit Philaret den Erzbischof von Nischni Nowgorod, Pitirim, darüber, dass das Holz-Zeltdach des Glockenturms verfault war, was die Uhr beschädigte, und bat um Erlaubnis zur Reparatur.

Am 28. Januar 1751 brach im Kloster ein Feuer aus, das die Holzbestandteile des Glockenturms zerstörte. Im selben Jahr wurde er wiederhergestellt, wobei eine Backsteinschicht für das Glockenläuten und ein Achteck für den Uhrmechanismus hinzugefügt wurde. Die Reparatur der Uhr und die Schmiedearbeiten für das Kreuz wurden von dem Schmied Fjodor Chalezow aus dem Dorf Bor durchgeführt. Bereits im 17. Jahrhundert neigte sich der Glockenturm aufgrund von Bodensenkungen nach Norden, aber dieser Prozess stoppte. Im Jahr 1751 richteten die Steinmetze die Spitze des Glockenturms aus, was dazu führte, dass die Geschosse des 17. und 18. Jahrhunderts in verschiedenen Achsen liegen. Diese Entscheidung stellte sich als erfolgreich heraus, da der Glockenturm mehr als zwei Jahrhunderte überdauerte.

Im Jahr 1838 äußerte jedoch der Architekt A. I. Scheffer bei der Besichtigung der Gebäude des Klosters seine Besorgnis. Das städtische Baukomitee beauftragte den Architekten A. L. Leer mit der Untersuchung und Reparatur des Glockenturms, was am 11. März 1840 angeordnet wurde. Der Glockenturm des Pechersk-Klosters ist ein seltenes Beispiel für alte russische Glockentürme des 16. und 17. Jahrhunderts, die bis heute praktisch nicht erhalten geblieben sind.