Ende 1891 wurde in Noworossijsk der städtische Friedhof eröffnet, der zwischen den Straßen Anapskaja (heute Widowa), Stavropolskaja, Tschajkovskaja und Kseniewskaja (heute Klara Zetkin) liegt. Die Fläche des Friedhofs betrug etwa 20.000 Sazhen und hatte eine rechteckige Form. Auf seinem Gelände begann der Bau der Himmelfahrtskirche, der unter der Aufsicht eines speziell von der Stadtverwaltung eingerichteten Ausschusses stattfand.

Am 23. November 1904 diskutierte die Stadtverwaltung die Frage der Weihe der neuen Himmelfahrtskirche. Nachdem sie den Bericht der Verwaltung über den Abschluss des Bauvorhabens angenommen hatte, stellte die Duma 300 Rubel für die Weihe bereit und sprach dem Vorsitzenden des Bauausschusses M.F. Penchul und allen Mitgliedern des Ausschusses ihren Dank für ihre Arbeit und Spenden zugunsten des neuen Tempels aus.

Im Alltag und in der Stadtverwaltung wurde die Himmelfahrtskirche oft als Friedhofskirche bezeichnet, jedoch wurde sie in den offiziellen Dokumenten jener Zeit als "Städtischer Friedhof bei der Himmelfahrtskirche" aufgeführt. Heute befindet sich auf dem Gelände, wo die Himmelfahrtskirche stand (ehemaliger städtischer Friedhof), das Gebäude eines Militärkrankenhauses in der Widowa-Straße, neben der Kirche.

Seit 1945 ist die Kirche weiterhin aktiv.