Zu Beginn des 19. Jahrhunderts befand sich das Gebiet, in dem sich die Schutzmantel-Kirche befand, am Stadtrand. Im Jahr 1805 wurde hier ein städtischer Friedhof eröffnet, auf dem eine hölzerne Kirche zu Ehren des hl. Johannes des Täufers mit einer Kapelle im Namen der Erhöhung des Kreuzes des Herrn errichtet wurde. Im Laufe der Zeit rückten die Stadtviertel näher an den Friedhof, die Zahl der Gläubigen nahm zu, und die alte Kirche wurde eng und baufällig.

Im Jahr 1853 wandten sich die Kaufleute Schikhobalow, Anton, Jemeljan und Matwej, zusammen mit den Bewohnern der umliegenden Viertel, an den Samaraer Bischof Eusebius Orlinski mit der Bitte um Erlaubnis zum Bau einer neuen Steinkirche anstelle der hölzernen Kirche. Das von dem Gouvernementsarchitekten A.I. Maisner entworfene Projekt wurde nach Petersburg geschickt, aber nicht genehmigt. Im Jahr 1857 wurde das Projekt des Architekten E.I. Zhibera angenommen. Zu dieser Zeit erhielt die Friedhofskirche den Status einer Pfarrkirche, und der Friedhof wurde geschlossen.

Anton und Jemeljan Schikhobalow spendeten 34.000 Rubel für den Bau, was die Kosten für das Mauerwerk und die Innenausstattung deckte. Die Bauarbeiten begannen im Juli 1857, und am 14. September desselben Jahres legte Bischof Theophil Nadezhdin feierlich den Grundstein für die Kirche. In den Bauausschuss traten die Brüder Schikhobalow, die Priester Ioann Slovoohotov und Alexander Tsaregradsky sowie die Pfarrvorsteher ein. Anton Schikhobalow wurde Schatzmeister des Ausschusses und erster Kirchenältester.

Der Bau wurde gewissenhaft durchgeführt und innerhalb von zwei Jahren abgeschlossen. Für ihren Eifer beim Bau der Kirche wurden die Brüder Schikhobalow mit goldenen Medaillen ausgezeichnet, und Parshensky erhielt den Orden des Heiligen Stanislaus 3. Klasse. Auf dem Gelände der Kirche wurde das Familiengrab der Schikhobalow eingerichtet.

Am 17. Juli 1861 wurde der Hauptaltar zu Ehren des Schutzmantels der Heiligen Gottesmutter geweiht, und am 12. November desselben Jahres der rechte Altar im Namen des Heiligen Mitrophan. Der erste Pfarrer wurde der Protopriester Alexander Tsaregradsky, und nach seinem Tod sein Bruder Nikolai.

Obwohl die Kirche als dreischiffig geplant war, befanden sich lange Zeit im linken Seitenschiff die Sakristei und das Büro. In den Jahren 1906-1907 wurde mit Mitteln von Peter Ivanovich Schikhobalow ein Anbau errichtet, in den das Büro und die Sakristei verlegt wurden. Im Jahr 1911 wurde der linke Altar zu Ehren des hl. Märtyrers Emilijan geweiht.

Die Architektur der Schutzmantel-Kirche ist im Stil der Moskauer Kirchenarchitektur des 17. Jahrhunderts ausgeführt und bietet Platz für bis zu 2000 Personen. Die Innenausstattung war reich verziert, die Altäre mit Kunstmarmor verkleidet, die Wände mit Fresken bedeckt. Besonders verehrt wurden das Bildnis des nicht von Händen gemachten Christus und das Kreuz mit den Reliquien der Heiligen.

Über 60 Jahre erhielt die Kirche großzügige Spenden von den Kaufleuten Schikhobalow. Anton Schikhobalow ersetzte die Glocke, bezahlte die Verkleidung der Kirche, baute ein Pfarrhaus und eröffnete eine Sonntagsschule. Im Jahr 1890 wurde auf seine Kosten der Schutzmantelpark angelegt.

Nach der Revolution von 1917 fiel die Kirche unter die Kontrolle der Erneuerer, aber im Jahr 1938 wurde sie mit der Moskauer Patriarchie wiedervereinigt. In den Kriegsjahren beteiligte sich die Kathedrale an der Sammlung von Spenden, und ihr Chor gehörte zu den besten in Russland.

Im Jahr 1977 gab es in der Kathedrale einen Brand, der einen Großteil der Malerei zerstörte. Die Wiederherstellung der Kirche dauerte fast vier Jahre. Im Jahr 1991 wurde das Grab der Schikhobalow geöffnet, und die Überreste wurden auf dem Gelände der Kathedrale umgebettet.

Heute führt die Schutzmantel-Kirche regelmäßige Gottesdienste und geistlich-aufklärerische Arbeit durch. In Zukunft könnte sie den Status einer Kathedrale an einer neuen Kathedrale abgeben, bleibt jedoch ein wichtiger Teil der Geschichte der Russischen Orthodoxen Kirche und der Samaraer Diözese.