Die Nikolauskirche, aus Holz erbaut, entstand 1718 in Jakutsk und wurde eine der ersten in der Stadt. Sie befand sich hinter dem Rathausplatz, in der Nähe der Festung. In der Mitte des 18. Jahrhunderts wurde die Kirche des Heiligen Nikolaus mit Waisenhäusern erwähnt.

Im Laufe der Zeit ist das Holzgebäude wahrscheinlich verfallen oder abgebrannt, und 1791 begannen die Einwohner mit dem Bau einer neuen Steinkirche. Aufgrund von Geldmangel dauerte der Bau über dreißig Jahre. Die Kirche wurde an dem Ort errichtet, an dem später das Institut für Geologie des Jakutischen Wissenschaftszentrums untergebracht wurde. Bis zum Herbst 1821 war das obere Geschoss fertiggestellt, und drei obere Altäre wurden geweiht. Nach einem Erdbeben stellte sich jedoch heraus, dass das Fundament instabil war, was zu Rissen in den Wänden führte. Eine Kommission stellte fest, dass der Bauunternehmer dem Fundament nicht die nötige Aufmerksamkeit geschenkt hatte. 1834 erhielt die Jakutische Provinzverwaltung einen Befehl aus Irkutsk, die Wände der Kirche abzureißen. Es ist bekannt, dass das untere Geschoss 18 Fenster hatte, das obere 20 Fenster, und der hohe quadratische Raum bestand aus zwei Etagen mit sechs Altären. In der Kirche gab es 9 Glocken, darunter eine große und eine Polyelai-Glocke mit einem Gewicht von 66 Pud und 18 Pfund.

Die Idee, eine neue Nikolaus-Kirche für Begräbnisriten zu bauen, wurde von dem Kaufmann Ivan Jakovlevich Schilov vorgeschlagen und von den Bürgern unterstützt, die Mittel durch Spenden sammelten. Im Sommer 1843 besuchte der Erzbischof von Irkutsk, Nil Isakowitsch, Jakutsk und unterstützte die Initiative. In der Stadt begann die Ziegelproduktion und der Abbau von Steinen, es bildeten sich Steinmetz-Gemeinschaften. Am 9. Mai 1847 wurde das Fundament geweiht, und bis 1851 war der Bau der Kirche weitgehend abgeschlossen. Kaufmann Schilov überwachte den Bau, wählte den Standort und kaufte Materialien. 1852 weihte der Erzbischof von Kamtschatka, Innokentij Weniaminow, den Hauptaltar, und später wurden noch zwei weitere geweiht. In die neue Kirche wurden die Glocken, die Gewänder und die Ikonen aus der alten Kirche übertragen. Alle drei Ikonostasen wurden nach den Zeichnungen des Architekten Diakonov erstellt. Auf dem Gelände der Kirche wurden Menschen aus verschiedenen Ständen beigesetzt. Kaufmann Ivan Jakovlevich Schilov der Jüngere wurde am Eingang der Kirche für seine Wohltaten beigesetzt.

In den 1920er Jahren wurde die Nikolauskirche wegen der Erschießungen von Vertretern der Intelligenz, des Kaufmannsstandes und des Klerus in ihrem Umkreis bekannt. Die Kirche wurde den Renovatoren übergeben, und in den 1930er Jahren wurden die Glocken abgenommen. Bis zum Ende des Jahrzehnts rückten die Bauarbeiten der Stadt an den Friedhof heran, der abgerissen wurde. Die Denkmäler wurden gestohlen, und bis 1939 blieb die Kirche die letzte aktive in Jakutsk, wurde jedoch wegen "Notstands" geschlossen.

Nach der Schließung wurde die Kirche teilweise umgebaut und umfassend renoviert. In ihr wurden das Parteiarichiv, das Büro für Stadtarchitektur und ein Bibliothekskollektor untergebracht, was half, das Gebäude zu erhalten. In den Jahren 1945-1946 erhielten die Gläubigen ein Gebetshaus anstelle der Kirche. In den 1950er Jahren wurde der Friedhof eingeebnet, und die Grabsteine wurden im Bau verwendet, zum Beispiel als Fundament für das städtische Kraftwerk. 1976 wurde die Kirche in die Liste der Architekturdenkmäler aufgenommen, und 1982 wurde eine kosmetische Renovierung durchgeführt. Bis zum Ende der Sowjetzeit behielt die Kirche ihr ursprüngliches Aussehen und Volumen.

Anfang der 1990er Jahre wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben. Patriarch Alexij II. besuchte die Kirche 1993 und äußerte die Hoffnung auf ihre Wiederherstellung. Die Regierung von Jakutien stellte Mittel für die Wiederherstellung bereit, und am 8. Oktober 1995 wurde die Kirche erneut geweiht und wurde zur Kathedrale der Jakutischen Diözese. Sie behielt diesen Status bis 2005, als sie zur Pfarrkirche mit dem Namen "Gradoyakutsk" wurde. In den 2010er Jahren wurde unter der Leitung von D. A. Trofimov die Inneneinrichtung der Kirche erneuert.