Der Kosakenfriedhof entstand im östlichen Teil des Kosakenvororts in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Hier wurden Flächen für die Beisetzung von Kadetten, katholischen und choleraerkrankten Friedhöfen ausgewiesen. Während des Großen Vaterländischen Krieges wurden hier Soldaten beigesetzt, die in den Omsker Krankenhäusern gestorben waren. Der Friedhof befand sich am Ende der Nikolskaja-Allee (heute Straße der Roten Morgenröte) hinter der Schkrojevskaja-Straße (heutige Kuibyschew-Straße).

Ursprünglich wurde auf dem Friedhof eine Kapelle errichtet, und 1859 wurde im Zentrum des Friedhofs mit Mitteln des Omsker Stadtoberhaupts Wladimir Petrowitsch Kusnezow eine steinerne Kirche gebaut. In der Arbeit über die sibirische Ikonenmalerei von Protopresbyter Alexander Sulotski wird erwähnt, dass die Ikonen für den Ikonostase der Friedhofskirche sowie für die Kirchen in Karkarala und Kuldscha von W.P. Kusnezow in Moskau bestellt wurden. Das Innere der Kirche war mit einem Kristallleuchter geschmückt, der von W.P. Kusnezow gespendet wurde. W.P. Kusnezow, der Stadtoberhaupt war, baute die neue Iljinski-Brücke über die Om nach dem Projekt von E.I. Eset. Er starb am 29. März 1870. Der Generalgouverneur von Westsibirien A.P. Chruschtschow bat den Erzbischof von Sibirien und Tobolsk um Erlaubnis, W.P. Kusnezow in der Friedhofskirche zu beerdigen, aber Erzbischof Warlaam verweigerte dies unter Berufung auf gesetzliche Verbote.

Die Kirche ist nicht erhalten geblieben, aber ihre Fotografien ermöglichen es, den Stil als offizielle Richtung im „russischen Stil“ zu bestimmen. Der Tempel wurde aus rotem Ziegel gebaut, verputzt und weiß gestrichen und hatte eine dreiteilige Komposition. Die einschiffige Kirche war mit klassischen Pilastern und einem Gesims geschmückt, während die Trommel der Kuppel und der Rahmen der Fensteröffnungen in Form von spitzbogigen Bögen gestaltet waren. Der achteckige Glockenturm hatte ein Geschoss für das Geläut. Möglicherweise war der Architekt des Kirchenprojekts Gawriil Stepanowitsch Werschinin. 1896 wurden das Vorhaus und der Glockenturm mit Mitteln des Kaufmanns Grigori Wasiljewitsch Schkrojev angebaut, was Platz für 400 Personen bot.

An dem Feiertag der Kirche fand ein Kreuzgang über den Friedhof statt. Neben der Kirche gab es eine Kapelle als Denkmal. Im Friedhofsheim lebten 1914 sieben Frauen. Die Geistlichen der Kirche waren bekannte Omsker Prediger: in den 1900er Jahren Protopresbyter Wassili Pljaskin, in den 1910er Jahren Protopresbyter Michail Orlow.

Während des Ersten Weltkriegs wurden die verstorbenen Soldaten und Flüchtlinge kostenlos beerdigt. Neben der Kirche wurden bekannte Bürger Omsks beigesetzt: Generalleutnant W.S. Zytoiwitsch, Protopresbyter und Kirchenhistoriker A.I. Sulotski, Architekt I.G. Chworinow, Kaufleute W.P. Kusnezow, G.W. Schkrojev, S.S. und F.S. Wolkow, S.N. Moskaliitin, O.W. und W.T. Rasumowski, später Doktor F.I. Bill, Wissenschaftler P.L. Drawert, Professor N.D. Liberow.

Seit 1920 wurde die Kirche zur Pfarrei. Die Gemeinde war eine der größten in Omsk: 1926 zählte sie 89 Personen, 1927 waren es 312. In den Jahren 1937 und 1938 waren es 30 Gläubige, die von den Priestern Kiselev und Tatischev betreut wurden, und die Vorsitzende der Gemeinde war A.M. Sukowaticina. Die Kirche wurde im Februar 1938 geschlossen und als Lager für „Wodnik“ genutzt.

Während des Großen Vaterländischen Krieges wurden zahlreiche Bitten der Gläubigen um die Wiedereröffnung der Allerheiligsten Kirche in Omsk abgelehnt, mit dem Hinweis, dass sie sich einen Kilometer von der aktiven Kirche entfernt befinde, was nicht der Wahrheit entsprach, da die Kreuzerhöhungskirche am anderen Ufer der Om lag, weit entfernt vom Kosakenfriedhof.

Das Schicksal der Allerheiligsten Kirche beschäftigte den Mitarbeiter und späteren Direktor des Heimatmuseums A.F. Palaschenkow. 1948 versuchte er, im Gebäude der Kirche ein Museum zur Geschichte Omsks zu eröffnen. In einem Antrag vom 10. April 1949 wies Andrej Fjodorowitsch darauf hin, dass das Omsker Museum über eine große Sammlung von Plänen, Zeichnungen, Fotografien und Objekten verfüge, die nirgendwo ausgestellt werden könnten. Der Stadtrat beschloss, die Kirche für die Unterbringung des Museums zu übergeben und richtete eine Anfrage an den Ministerrat der UdSSR. Doch das Vorhaben war nicht von Erfolg gekrönt. Der Rat für die Angelegenheiten der Russisch-Orthodoxen Kirche beim Ministerrat der UdSSR beschloss am 9. Mai 1949: „Die Nutzung der Friedhofskirche als Museum wird als unzeitgemäß erachtet.“ In den letzten Jahren blieb die Kirche ungenutzt und zerfiel allmählich.

Am 31. Januar 1966 fand die Gründungskonferenz der regionalen Abteilung der Allrussischen freiwilligen Gesellschaft zum Schutz von historischen und kulturellen Denkmälern statt, die einen bedeutenden Beitrag zur Rettung lokaler Denkmäler leistete. Doch auch in dieser Zeit gab es Verluste: 1975 wurde die Allerheiligsten Kirche auf dem Kosakenfriedhof abgerissen. Auf dem Gelände des Friedhofs wurden ein Kinder- und ein Infektionskrankenhaus gebaut.

Ende 2004 wurde auf Initiative des Gouverneurs der Region Omsk L.K. Polezhaev an diesem historischen Ort eine neue Holzkirche im Namen Allerheiligen errichtet. Der Metropolit von Omsk und Tarskij Theodosij weihte die Kirche ein und hielt am 7. Januar 2005, am Tag der Geburt Christi, die erste Liturgie.