An der Stelle der Kirche befand sich zuvor die Surguter Festung, die 1594 von Kosaken gegründet wurde. Man kann mit Sicherheit behaupten, dass die erste Kirche an diesem Ort Ende des 16. Jahrhunderts errichtet wurde. In der letzten Viertel des 17. Jahrhunderts wurden die maroden Stadtbefestigungen durch eine doppelte Festung mit vier Türmen ersetzt, in deren Mauer die Dreifaltigkeitskirche integriert war.

Mit dem Vorstoß des russischen Staates nach Osten und Süden Sibiriens verlor Surgut seine militärisch-politische Bedeutung. Die Festung kam allmählich in Verfall und wurde in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts endgültig abgerissen. In der Zeit von 1781 bis 1801 wurde an der Stelle der hölzernen Dreifaltigkeitsfestungskirche eine Ziegelkirche mit Altären zu Ehren der Einführung der Heiligen Gottesmutter und des Heiligen Nikolaus des Wundertäters erbaut. Die Kirche wurde 1930 geschlossen, ihr Gebäude wurde als Lager genutzt und später abgerissen.

Heute befindet sich an der Stelle der Kirche ein Denkmal für militärischen Ruhm. 1995 wurde hier eine Ziegel-Dreifaltigkeitskapelle erbaut.