Die Staniza Nowodonetskaja wurde 1833 an der Stelle einer Bauernsiedlung gegründet, in der 240 Menschen lebten. Die erste Kirche der Staniza, die in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts erbaut wurde, brannte nieder. 1856 wurde an ihrer Stelle eine hölzerne Heilig-Geist-Kirche auf einem steinernen Fundament errichtet. Die Maße der Kirche betrugen: Länge einschließlich des Glockenturms 23,1 Meter, Breite 12,8 Meter, Höhe bis zur Traufe 6,4 Meter. Im Laufe der Zeit wurde das Gebäude stark baufällig, was den Bau einer neuen Kirche erforderte. 1911 wurde der Grundstein für die steinerne Kirche gelegt, deren Bau 1914 abgeschlossen wurde. Die feierliche Weihe der neuen Kirche fand am 31. Mai 1914 statt, geleitet von Bischof Ioann von Eisk.

Dokumente, die das Projekt und den Autor der Heilig-Geist-Kirche in der Staniza Nowodonetskaja betreffen, wurden in den Archiven nicht gefunden. Es wird vermutet, dass der Autor des Projekts Alexander Petrowitsch Kossjakin war, der ähnliche Kirchen in anderen Stanizen baute. 1916 betrug die Anzahl der Gemeindemitglieder 5540 Personen, von denen 4170 Kosaken mit Familien waren. In der Kirche wurden kirchliche Dokumente, Bücher und Verzeichnisse sowie die Personenstandsregister seit 1830 aufbewahrt, mit Ausnahme der im Brand verlorenen. Die kirchliche Schule befand sich in einem Gebäude, das der Kirche gehörte, und erhielt jährlich 100 Rubel für ihren Unterhalt.

Bis 1916 war die Heilig-Geist-Kirche in Nowodonetskaja nicht nur ein wichtiger wirtschaftlicher Akteur, sondern spielte auch eine Schlüsselrolle in der Aufklärung und im geistlichen Leben der Staniza. Seit 1872 gehörte sie zum sechsten Dekanat, zunächst der Kaukasischen und dann der Stawropol-Eparchie. Im Personal der Kirche arbeiteten zwei Priester, ein Diakon und zwei Psalmodisten. Der Kirche wurden 264 Desjatinen Land zugewiesen, die in der Verwaltung der Gemeinde lagen, und 165 Desjatinen, die vom Klerus genutzt wurden. 1916 wurden in der Schule 37 Jungen und 17 Mädchen unterrichtet, die Lehrerin war Antonina Iwanowna Switlow.

Neben der kirchlichen Schule gab es in der Gemeinde eine zweiklassige Ministerialschule, eine einklassige Mädchenschule, eine einklassige gemischte Schule und eine Schule auf dem Markt bei der Station "Bursak". Die Gottesdienste in der Kirche fanden bis 1933 statt, danach wurde sie in einen Klub umgebaut. Während des Großen Vaterländischen Krieges öffnete die Kirche am 15. November 1942 erneut ihre Türen, um die Spiritualität des Volkes zu unterstützen. 1964 wurde die Kirche geschlossen, und 1975 wurde sie in die Liste der Denkmäler von lokaler Bedeutung aufgenommen. 1978 wurde das Gebäude dem regionalen Kulturmanagement übergeben und als Lager für chemische Düngemittel genutzt, was zu erheblichen Zerstörungen führte.

1990 wurde die Gemeinde der Heilig-Geist-Kirche gegründet, und der Protopriester Andrian wurde ihr Leiter. In der halbzerstörten Kirche wurden Fenster eingesetzt, und die Gottesdienste fanden in ihrem vorderen Teil statt. Von 1991 bis 2000 war der Priester Sergej Kurjanow der Leiter, der mit der Restaurierung der Kuppeln begann. Ab 2001 wurde der Priester Boris Kekeew der neue Leiter, der eine umfassende Restaurierung der Kirche initiierte. Zu Beginn der 2000er Jahre wurde die Wohltätigkeitsstiftung "Wiedergeburt" zur Wiederherstellung der Kirche gegründet, deren Leiter Alexei Nikolajewitsch Tkatschow wurde. Die Restaurierungsprojekte der Kirche begannen 2004 unter der Leitung des neuen Leiters, Priester Trofim Schcherbakow.

Seit dem 1. Juli 2007 ist Priester Alexander Jefimenko der Leiter. In den Jahren 2007-2008 wurden kirchliche Utensilien gekauft, und Ikonen der himmlischen Schutzpatrone der Familie des Hauptförderers der Kirche, des Gouverneurs des Krasnodar-Gebiets Alexander Nikolajewitsch Tkatschow, wurden gemalt. In den Jahren 2008-2009 wurde die Kirche im neobyzantinischen Stil bemalt, basierend auf dem Projekt der Neuen-Afon-Kirche aus Abchasien. Die Malerei wurde von Künstlern aus Russland und anderen Ländern, einschließlich Frankreich und Israel, unter Verwendung von Motiven aus dem Neuen Testament ausgeführt. In den Jahren 2008-2010 wurden eine Prosfornia, eine Taufkapelle und ein Gebäude der Sonntagsschule errichtet.

Derzeit gehört die Heilig-Geist-Kirche der Staniza Nowodonetskaja zur Ust-Labinsk und Wyselkovskij Dekanat der Jekaterinodar und Kuban Eparchie. In der Kirche dient ein zweiter Priester, Alexei Owdienko. Der Chor "Alte Rus" unter der Leitung von Julia Nasarenko führt Gesänge auf. Die Aktivitäten der Kirche umfassen katechetische, missionarische, sozial-aufklärerische, kulturell-kreative und sportlich-touristische Richtungen.