Die ersten Informationen über die Kirche im Dorf Iwna stammen laut der Forschung der Kursker Wissenschaftlerin und Architektur-Kandidatin E.V. Kholodova aus den 1770er Jahren. In den Dokumenten zur Landvermessung dieser Zeit wird auch der zweite Name des Dorfes, Troizkoje, erwähnt, der wahrscheinlich mit der Kirche der Heiligen Dreifaltigkeit verbunden ist. In der Beschreibung des Kursker Gouvernements aus den 1780er Jahren wird jedoch in Iwna eine Kirche „zu Ehren der Herabkunft des Heiligen Geistes, mit dem Altar des Heiligen Nikolaus“ angegeben. Der genaue Standort der ersten Kirche in Iwna ist unbekannt, es wird jedoch vermutet, dass sie am Rand des alten Friedhofs gestanden haben könnte, der nicht erhalten geblieben ist (heute ist dies die Ecke der Schulstraße und der Leninstraße). Laut V. Davydov aus dem Buch „Die Kirchen der Region Belgorod“ wurde 1859 in Iwna ein steinernes Gebäude der Dreifaltigkeitskirche errichtet. Es befand sich im Park des Gutsbesitzers, der den Gutsbesitzern Karamzin und Kleinmichiel gehörte, die das Dorf zu dieser Zeit besaßen.

Diese Kirche funktionierte bis zu Beginn der 1930er Jahre. Nach dem Großen Vaterländischen Krieg wurde das Gebäude der Kirche abgerissen und in Ziegel zerlegt. Die Wiederbelebung des kirchlichen Lebens in Iwna begann in den 1990er Jahren, als die Gemeinde der Heilig-Nikolai-Kirche gegründet wurde, die zur Moskauer Patriarchie gehört. Zunächst fanden die Gottesdienste in einem umgebauten Raum der ehemaligen Beschaffungsstelle in der Lesnaja-Straße, in der Nähe des Gebiets Tscheremoshnoje, statt. Gleichzeitig wurde von 1997 bis 2000 ein neues Kirchengebäude am Rand des Sanatoriums (ehemaligen Gutsgeländes) Parks, an der Ecke der Sadowaja- und Kommunalnaja-Straße, errichtet. Die neue Heilig-Nikolai-Kirche in Iwna wurde am 1. Oktober 2000 feierlich von dem Erzbischof (jetzt Metropolit) von Belgorod und Starooskol, Ioann (Popov), geweiht.