Der Blutdenkmaltempel wurde an dem Ort errichtet, an dem der Kaiser Nikolaus II, seine Familie und ihre treuen Begleiter tragisch ums Leben kamen. Dieser Ort, von der göttlichen Vorsehung auserwählt, wurde von unseren Vorfahren lange Zeit betend besucht.

In den 1760er Jahren wurde hier eine hölzerne Kirche zu Ehren der Himmelfahrt des Herrn erbaut. 1789 beschlossen die Gemeindemitglieder, eine neue Steinkirche auf dem Hügel zu errichten, wo zuvor das Haus von Wassili Tatischew stand. Die Steinkirche wurde 1792 eingeweiht und 1818 geweiht, während die hölzerne Kirche nach Niedere Issetsk verlegt wurde.

Anstelle der Alten Himmelfahrtskirche wurde ein Wohnhaus errichtet, später ein steinernes Herrenhaus. An der Stelle des Altares entstand eine Kapelle zu Ehren des Propheten Elias. Die Ermordung des Kaisers und seiner Familie fand im Keller des südlichen Flügels dieses Hauses statt, an der Stelle der ehemaligen Himmelfahrtskirche. 1908 erwarb N. N. Ipatiev das Haus. Im April 1918 wurde er gebeten, das Haus zu räumen, das eingezäunt und für die Ankunft der kaiserlichen Familie vorbereitet wurde.

Am 30. April 1918 wurden Kaiser Nikolaus II, Kaiserin Alexandra Fjodorowna und die Großfürstin Maria nach Jekaterinburg gebracht. Im Mai trafen die anderen Familienmitglieder ein. Am 14. Juli 1918 fand das letzte Abendmahl statt.

In der Nacht vom 4. Juli 1918 fand im Keller des Ipatiev-Hauses die Ermordung des Kaisers, seiner Familie und ihrer Begleiter statt: Dr. Botkin, Anna Demidova, Alexei Trupp und Ivan Charitonov.

Im Jahr 1919 wurde das Ipatiev-Haus Eigentum der Republik. In verschiedenen Jahren beherbergte es das Armeehauptquartier, ein Studentenheim, Archive und Museen. In den 1920er Jahren wurde die Kapelle des Propheten Elias abgerissen.

Während des Krieges wurden im Haus Exponate der Eremitage aufbewahrt. In den 1970er Jahren befanden sich hier ein Ausbildungszentrum und die Agentur „Soyuzpechat“. 1977 wurde das Haus abgerissen.

Das erste Gebet für die kaiserliche Familie fand 1989 statt. 1990 wurde das Grundstück der Jekaterinburger Diözese übergeben, und ein kaiserliches Kreuz wurde aufgestellt.

1991 fand ein Kreuzweg zu Ehren der kaiserlichen Familie statt. 1992 wurde neben dem Ort des Ipatiev-Hauses eine Kapelle im Namen der Großfürstin Elisabeth erbaut. Im Jahr 2000 wurde sie in die Kathedrale der neuen Märtyrer aufgenommen.

Am 23. September 1992 wurde das Fundament der zukünftigen Kirche gelegt. 1993 segnete der Synod den Bau des Blutdenkmaltempels. 1994 fand die erste Liturgie statt.

Im Jahr 2000 wurde die Heiligsprechung der königlichen Märtyrer vollzogen. 2001 wurde das Projekt eines spirituellen Zentrums bei der Kirche gesegnet. 2003 wurde die obere Kirche geweiht.

Am 12. Oktober kam die Reliquie des Seraphim von Sarow in die Kirche. Die Kirche wurde hundert Jahre nach seiner Heiligsprechung geweiht. Olga Kulikowskaja-Romanowa übergab das Ikone der Gottesmutter, vor der die kaiserliche Familie betete.

In der Nacht vom 16. auf den 17. Juli 2003 fand eine Liturgie statt, nach der ein Kreuzweg zur Ganina Jama stattfand.

Am 18. April 2010 weihte Patriarch Kyrill die untere Kirche. Am 15. Juli 2013 wurde der Altar an der Stelle der Ermordung der kaiserlichen Familie geweiht.

Am 7. Februar 2016 wurde Jewgeni Botkin in den Heiligenstand erhoben.