Die Kreuzerhöhungskirche wird oft Nikolauskirche genannt, da es ursprünglich zwei separate Tempel waren, die später zu einer Gemeinde vereinigt wurden. Die erste Nikolauskirche in Isjum wurde zwischen 1704 und 1709 erbaut. Das Holzgebäude befand sich im Bereich der heutigen Perwomaiskaja-Straße. Die Kreuzerhöhungskirche wurde zehn Jahre später in der heutigen Charkower Straße errichtet. Die Holzgebäude verfielen im Laufe der Zeit, sie mussten oft aufgrund von Bränden und Abnutzung umgebaut und renoviert werden. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts, als erneut die Frage des Kirchenbaus aufkam, wurde beschlossen, die Gemeinden zu vereinen und einen einzigen steinernen Tempel der Erhebung des Heiligen Kreuzes mit einer Kapelle zu Ehren des Heiligen Nikolaus zu bauen.

Die neue Kirche wurde malerisch am Ufer des Sewersky Donets errichtet. Der kreuzförmige, einschiffige Tempel im klassizistischen Stil fügte sich harmonisch in die umliegende Landschaft ein. Das Projekt wurde vom charkower Gouvernementsarchitekten P.A. Jaroslawskij entworfen, und alle Arbeiten wurden bis 1821 abgeschlossen. In diesem Jahr wurden in der Kirche drei Altäre geweiht: der Hauptaltar zu Ehren der Erhebung des Lebensspendenden Kreuzes, der rechte zu Ehren des Heiligen Nikolaus und des Heiligen Simeon des Gottgeweihten, der linke zu Ehren der Märtyrerin Eudokia und des großen Märtyrers und Heilers Panteleimon.

Das ursprüngliche Aussehen des Tempels ist nicht erhalten geblieben, da das Gebäude mehrfach umgebaut wurde. In der Mitte des 19. Jahrhunderts wurde es erweitert, indem seitliche Kapellen hinzugefügt wurden. Nach der Revolution verfiel die Kirche: zerbrochene Fenster, ein undichtes Dach und Temperaturschwankungen zerstörten das architektonische Denkmal. Während des Zweiten Weltkriegs wurde der Tempel bombardiert, und 40 Jahre später wurde unter seinem Fundament eine nicht explodierte Granate gefunden. In den Nachkriegsjahren wurde im Gebäude ein Gemüselager untergebracht, später ein Lager eines Möbelgeschäfts.

Um den Tempel zu erhalten, schlugen die Einwohner von Isjum den Behörden vor, ein Museum für Volkskunst darin einzurichten, was es ermöglichte, Mittel für die Restaurierung zu erhalten. 1987 begannen die Arbeiten zur Wiederherstellung der Kirche. Besonders interessant waren die durch die Zeit und Feuchtigkeit beschädigten Fresken. Gutachten zeigten, dass die Malereien aus dem 19. Jahrhundert stammen und von Meistern der Schule von W.M. Wassnezow ausgeführt wurden. Dank der Bemühungen von Fachleuten und Spenden der Gemeindemitglieder erstrahlten die Kuppeln des wiederbelebten Tempels erneut über dem Sewersky Donets. Am 19. Dezember 1990 fand in der Kreuzerhöhungskirche der erste Gottesdienst nach langen Jahren der Verwahrlosung statt.

Heute wird die Restaurierung der Fresken in der Kirche fortgesetzt. Einige Fachleute glauben, dass das Bild des Erzengels Gabriel von Viktor Wassnezow stammt. In der Kirche wird auch eine Kopie des wundertätigen Sandstein-Ikone der Gottesmutter aufbewahrt, deren Original sich in der Heilig-Übertragungskathedrale von Isjum befindet.