Im Jahr 1529 besuchten während ihrer Reise durch die nördlichen Länder Wassili IV. Iwanowitsch und Elena Glinskaja das Kloster. Bald, im Jahr 1536, begann der Bau der Himmelfahrtskathedrale, was durch die Inschrift am Kreuz des Kirchenstifters belegt ist. Im Jahr 1538 verbrannten die Tataren das Kloster und ließen nur die Steinbauten zurück. Dies deutet darauf hin, dass der Bau des Himmelfahrtskomplexes fast abgeschlossen war und dem Kloster besondere Bedeutung beigemessen wurde, da bereits 1539 der Bau des Speisesaals praktisch abgeschlossen war, was ohne Hilfe aus dem Zentrum nach der Plünderung unmöglich gewesen wäre. Im Jahr 1545 besuchte Iwan der Schreckliche das Kloster, und auf seinen Befehl wurde 1546 der Tempel über dem Schrein des heiligen Paul von Obnor errichtet.

So wurde das Paul-Obnorski Kloster im 16. Jahrhundert zu einem bedeutenden Zentrum mit einem Komplex aus Steinbauten. Neben drei Kirchen wurde möglicherweise bis zum Ende des 16. Jahrhunderts ein Gebäude südlich der Himmelfahrtskathedrale errichtet.

Laut den Schreiberbüchern von 1628-1630 sah das Kloster folgendermaßen aus: "Das Paul-Kloster am Fluss Nurma, darin die Kirche der Lebendigen Dreifaltigkeit mit einer Kapelle des Paul von Obnor, eine andere Kirche der Himmelfahrt der Gottesmutter mit einem Speisesaal, die dritte Kirche des heiligen Sergius von Radonesch, alle drei aus Stein. Im Kloster befanden sich auch die Zelle des Abtes, die Zelle des Schatzmeisters und 20 Brüderzellen."

In dem Buch von Suvorov, das zwischen 1861 und 1866 geschrieben wurde, wird das Kloster als "fast regelmäßiges Viereck mit einem Umfang von 277 Sazhen" beschrieben. Von 1881 bis 1887 wurde ein 20-Sazhen hoher Glockenturm an der Stelle der Himmelfahrtskirche beim Speisesaal errichtet. Die Dokumente des Klosters verzeichnen den Bau des Glockenturms seit 1880, beginnend mit dem Fundament. Im Jahr 1884 wird die Himmelfahrtskirche im zweiten Stock erwähnt, obwohl die Arbeiten am Glockenturm fortgesetzt wurden und das Mauerwerk 7 Sazhen erreichte. Am 21. September 1886 wurde die Himmelfahrtskirche geweiht, während über dem Altar der Glockenturm weiter errichtet wurde. Der Bau wurde 1887 abgeschlossen. Im Jahr 1910 wurde auf dem Glockenturm eine große Kuppel aus weißem Aluminium mit einem vergoldeten Kreuz installiert, und die Himmelfahrtskirche wurde renoviert.

Im Jahr 1922 wurde das Kloster geschlossen und die Gebäude wurden an die Wologda-Sonderschule übergeben, später 1947 an ein Waisenhaus. Von 1953 bis 1986 befand sich in den Gebäuden des Klosters eine Schule für Kinder mit geschwächten Lungen. Ab 1986 gehörten die Gebäude dem Grjazowetski Internat, wurden jedoch nicht genutzt.

Das größte wissenschaftliche Interesse gilt dem Himmelfahrtsgebäude, das Anbauten von 1536 bis 1886 umfasst. Es enthält den Speisesaal aus den Jahren 1536-1539, der mehrfach umgebaut wurde, aber im Dachgeschoss die ursprünglichen Abschlüsse an der östlichen, nördlichen und westlichen Wand, die Pfeiler und Reste der Gewölbe in der Mauerwerk der Wände bewahrt hat. Die Abtsgemächer grenzen westlich an den Speisesaal. Die beiden unteren Etagen stammen aus dem 16. Jahrhundert, während das dritte in der Mitte des 19. Jahrhunderts aufgestockt wurde. Der Glockenturm, genauer gesagt die beiden unteren Etagen, die an der Stelle der Himmelfahrts-Speisekirche erhalten geblieben sind, befinden sich in gutem Zustand. Die oberen Etagen, einschließlich der Glockenebene, wurden Anfang der 1950er Jahre abgerissen, und die Ziegel wurden für landwirtschaftliche Gebäude verwendet.