Die Kirche befindet sich an der Stelle des alten Dreifaltigkeits-Männerklosters, das seit 1626 bekannt ist. Der Haupttempel des Klosters war der Lebensspendenden Dreifaltigkeit gewidmet und hatte eine Kapelle zu Ehren des heiligen Alexander von Swir. Im Volk wurde er "Schwarze Dreifaltigkeit" genannt, um ihn von der nahegelegenen Pfarrkirche, der "Weißen Dreifaltigkeit", zu unterscheiden.

Nach dem Erlass von Katharina der Großen zur Schaffung von Klosterstaaten wurde das Kloster geschlossen und seine Tempel wurden zu Pfarrkirchen. Zu diesem Zeitpunkt war der Dreifaltigkeitstempel stark verfallen, und es war fast unmöglich, darin zu dienen. Der Priester Panteleimon Ivanov wandte sich zusammen mit den Gemeindemitgliedern an die kirchlichen Behörden mit der Bitte um Erlaubnis zum Bau einer neuen Steinkirche. Die Erlaubnis wurde am 28. März 1766 erteilt. Der Bau des neuen Tempels dauerte etwa 15 Jahre, und der Hauptaltar wurde 1777 geweiht. 1833 wurde die Kirche in Heilig-Geist-Kirche umbenannt, um sie von der benachbarten Dreifaltigkeitskirche, der "Weißen Dreifaltigkeit", zu unterscheiden. Die Gemeinde war immer arm und wurde sogar mehrmals anderen Gemeinden zugeordnet. Die Hauptstraße Golodaevka, heute Proletarskaja, erklärt den Grund dafür.

Nach der Revolution wurde die Kirche am 8. Mai 1929 als eine der ersten in der Stadt geschlossen und in eine Druckerei des Promkombinats umgewandelt. Der Glockenturm wurde teilweise zerstört, die Kuppel abgerissen und das Gebäude selbst durch Anbauten verändert. 1995 wurde die Druckerei in ein neues Gebäude verlegt, und die Kirche wurde der Gemeinde der Gläubigen "Zypressen" übergeben. Die entstellte Kirche benötigte eine umfassende Renovierung. Der erste Gottesdienst fand bereits am 17. Dezember 1995 zum Fest der heiligen Märtyrerin Barbara statt. Der Pfarrer der Kirche, ein junger Priester und Absolvent des Moskauer Geistlichen Seminars, Sergej Julin, benötigte viel Mühe, um die Schönheit des Hauses Gottes wiederherzustellen.

Trotz der schwierigen Bedingungen für die Durchführung von Gottesdiensten wurde die Geistliche Kirche eine der beliebtesten in der Stadt. In der Gemeinde der Gläubigen wurde eine Sonntagsschule für Kinder eröffnet, und es wurden Katechismuskurse durchgeführt.