Die Verklärungskirche wurde 1836 geweiht. Bis zum 17. Jahrhundert gehörte das Dorf Melnichnoje den Fürsten von Shuja, und im 19. Jahrhundert wurde es zum Gut des Dekabristen N.V. Schimanowski. Heute liegt es innerhalb der Stadtgrenzen.

Die Kirche zieht Aufmerksamkeit durch ihre Lage, ihre Ausstattung und ihre Geschichte auf sich. Der Komplex, der die Kirche, die Wachstube und einen kleinen Friedhof umfasst, befindet sich an einem malerischen Hang, umgeben von den Flüssen Secha und Motowilicha. Im 17. Jahrhundert standen hier Mühlen, was dem Dorf seinen Namen gab. Trotz des niedrigen Hügels ist die Kirche von den nördlichen Zufahrten nach Schuja sowie von den Straßen aus Ivanovo, Dunilovo und Wwedjenje sichtbar. Alle wichtigen Ereignisse im kirchlichen Leben von Schuja nach dem Krieg sind mit der Kirche in Melnichnoje verbunden. Die Kirche wurde in den 30er Jahren geschlossen, aber in den 40er Jahren wieder eröffnet. Während der Schließung wurde das Gebäude als Werkstatt und Lager genutzt. Von Ende der 40er bis Anfang der 90er Jahre war dies die einzige aktive Kirche in Schuja. Die Gottesdienste wurden nur in der Kirche des Dorfes Kuznetsovo nicht unterbrochen. Die verlorenen kirchlichen Werte wurden teilweise durch Spenden von Schujan ersetzt, die Familienikonen und Bücher brachten. Die Architektur der Kirche vereint späten Klassizismus und pseudorussischen Stil und wurde in mehreren Etappen mit den Mitteln der Schujan-Kaufleute erbaut. Zunächst wurde an die hölzerne Nikolauskirche eine warme Steinkirche des Heiligen Apostels Jakobus mit Glockenturm angebaut, dann wurde die hölzerne Kirche durch eine steinerne ersetzt, und im warmen Teil wurde ein Altar der Verklärung des Herrn eingerichtet. Der Bau erfolgte von Westen nach Osten. Der Name der Kirche änderte sich je nach dem vorherrschenden Altar: Zunächst war sie die Verklärungskirche, dann die Nikolauskirche und jetzt wieder die Verklärungskirche, gemäß der Inschrift an der Nordwand und den diözesanen Dokumenten. Bis zur Eröffnung der Auferstehungskathedrale Ende der 90er Jahre war die Verklärungskirche die Kathedrale. Dokumentarische Beweise für ihr Entstehen sind nicht erhalten geblieben. Der Heimatforscher V. Borisov vermutete, dass die Kirche zur Zeit von Iwan dem Schrecklichen entstand. Es gibt die Version, dass sie eine Hauskirche im Landhaus der Fürsten von Shuja war. Interessant sind die Beschreibungen von Grabsteinen unbekannter Fürstinnen mit teilweise verwischten Inschriften, die sich im 19. Jahrhundert auf dem Kirchfriedhof befanden. Unter den Informationen über die Kirche werden unterirdische Gänge erwähnt: "Im Dorf Melnichnoje bei Schuja lebten die Fürsten von Shuja, wo es auch jetzt noch Einstürze gibt, die von einem unterirdischen Gang unter dem Fluss Tezoya nach Schuja sprechen." Heimatforscher des 19. Jahrhunderts erwähnten unter den kirchlichen Sehenswürdigkeiten von Schuja das alte wundertätige Ikone des Heiligen und Wundertäters Nikolaus, die sich in der Mühlenkirche befand. Den Gästen der Stadt wurde empfohlen, Melnichnoje zu besuchen, um sich an die Ikone zu wenden. Eines der bekannten Wunder war die Rettung des Dorfes vor der polnisch-litauischen Zerstörung zu Beginn des 17. Jahrhunderts. Die Erzählungen über die Wunder sind vermutlich 1780 bei einem Brand verloren gegangen. Nur wenige Schritte von der Kirche entfernt sprudelt eine wunderbare Quelle, die seit alten Zeiten bekannt ist. Im Jahr 1904 wird sie im Register der Trinkwasserquellen der Provinz Wladimir erwähnt. Es gibt eine Überlieferung über das Erscheinen hier der Ikone des Heiligen Nikolaus des Wundertäters, und seitdem wird der Ort als Quelle des Heiligen Nikolaus bezeichnet. Die Heiligkeit der Quelle wird durch zahlreiche Fälle von wunderbaren Heilungen bezeugt. Auch die Kirche selbst war dem Heiligen Nikolaus gewidmet.