Das Projekt der Kirche wurde von dem Architekten Fedor Ivanovich Afuxenidi entworfen, der die Andreevskaya Kirche, geschaffen von Bartolomeo Rastrelli in Kiew, als Grundlage nahm. Die Panteleimon-Kirche ist ein Ziegelgebäude in achteckiger Form mit fünf Kuppeln und einem dreigeschossigen Glockenturm sowie einem Untergeschoss, das die achteckige Form der Kirche wiederholt.

Die Geschichte der Kirche begann im Jahr 1999, als die Bewohner des Stadtteils Mamaika den Archimandriten Innocentius (Kishkin), den Dekan der Kirchen des Sotschiner Kreises, um die Errichtung einer Kirche zu Ehren des Heilers Panteleimon baten. Der Bischof von Maikop und Armavir, Filaret, gab den Segen zur Eröffnung der Kirche. Dank der Bemühungen von P. Innocentius wurde die Kirchengemeinde registriert. Im Mai 2000 wurde der Priester Nikolai Chlynin zum ersten Pfarrer der Gemeinde ernannt. Die ersten Gottesdienste fanden in einem vorübergehenden Raum statt, der vom Sanatorium „Stavropolje“ zur Verfügung gestellt wurde, auf dessen Gelände der Bau der Kirche geplant war. Der Bau begann im Januar 2001, und am 21. Februar segnete Erzbischof Isidor (jetzt Metropolit von Jekaterinodar und Kuban) den Baubeginn.