Die Gemeinde des Heiligen Nikolaus wurde am 19. September 1993 im Stadtteil "Aviastroiteley" in Neu-Uljanowsk gegründet. Am 19. Dezember 1996 hielt der hochwürdige Prokl einen Wasserweihe-Gottesdienst ab und weihte den Grundstein. Bis zum Frühling 1997 war die Holzkirche bis zur Decke gebaut, und der Ostergottesdienst fand in diesem Jahr ohne Dach in der Nikolauskirche statt. Bis zum Herbst war die Kirche fast vollständig fertiggestellt. Die erste Göttliche Liturgie fand am 8. Oktober 1998 statt.

Am 30. November 2002 brannte die Holzkirche in Neu-Uljanowsk nieder und ließ nur das Fundament zurück. Am 19. Dezember wurden die Gottesdienste in dem einzigen überlebenden Gebäude, das als Kirchenshop, Speisesaal und Prosfornaya genutzt wurde, wieder aufgenommen. Ab dem 4. Januar 2003 wurde in der Nikolauskirche wieder die Göttliche Liturgie gefeiert.

Im Jahr 2004 begann der Bau einer Steinkirche mit drei Altären auf dem erweiterten Fundament der früheren Kirche. Bis 2008 war die Kirche bis zur Basis des Glockenturms gebaut, und die Altarapsiden waren teilweise errichtet.

Von 2010 bis 2011 wurde der Bau des Glockenturms und des zentralen Teils der Kirche abgeschlossen. In den Jahren 2011-2012 wurden die Kuppeln installiert. Am Verkündigungstag, dem 7. April 2012, fand der Gottesdienst in der neuen Kirche statt.

Auf das Segenswort von Bischof Prokl wurde im Jahr 2012 ein Projekt für ein Bildungszentrum im Zavolzhsky-Bezirk von Uljanowsk, im Stadtteil Neu-Uljanowsk, bei der Kirche des Heiligen Nikolaus, erstellt. Im Jahr 2013 begannen die Arbeiten zu seinem Bau. Derzeit wurde das Gebäude, das als vorübergehende Kirche diente, in eine Sonntagsschule mit zwei Klassen umgebaut. Die Gemeinde des Heiligen Nikolaus kümmert sich auch um die Kirche des Propheten Elias bei der Luftlandetruppen-Einheit und die Kapelle auf dem städtischen Friedhof.