Das Dorf Michailowskaja, gelegen am Fluss Sueri, wurde 1848 von Siedlern aus dem zentralen Russland gegründet. Nach dem Bau einer eigenen Kirche und der Bildung einer Gemeinde erhielt das Dorf den Status des Dorfes Michailowskij, wo jährlich die Nikolai-Feste gefeiert wurden.

Seit ihrer Gründung gehörte das Dorf Michailowskaja zur Gemeinde der Znamenskaja-Kirche im Dorf Mostowskij. 1859 wurde die selbstständige Michailowskaja-Gemeinde gegründet, die neben dem Dorf selbst die Dörfer Kroschina, Pessjanaja, Chudorybja, Troizkaja, Pershina und Sungurova umfasste. Ab 1894 gehörte auch das Dorf Malo-Kroschina, das einen halben Kilometer von der Kirche entfernt lag, zur Gemeinde, und zu Beginn des 20. Jahrhunderts kam das Dorf Kokorina hinzu. In dieser Zusammensetzung existierte die Gemeinde bis zu Beginn der 1930er Jahre.

Im Jahr 1858 begann der Bau einer hölzernen Kirche auf einem steinernen Fundament im Dorf Michailowskaja, die dem Heiligen und Wundertäter Nikolaus gewidmet war. Die Arbeiten wurden mit Mitteln der Einheimischen durchgeführt und 1859 abgeschlossen. 1861 engagierten die Gemeindemitglieder den Maler Stepan Krutow aus Ishim, um einen vergoldeten Ikonostase mit Schnitzereien im Rokoko-Stil und Ikonen im griechischen Stil zu schaffen. Die Kirche wurde am 9. Mai 1865 geweiht. Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts war die Kirche baufällig, und 1904 wurde das Gebäude an die Retschnowskij Landgesellschaft verkauft, während die Ikonen in die neue Kirche übertragen wurden. Aufgrund der Baufälligkeit und der geringen Kapazität der alten Kirche beschlossen die Gemeindemitglieder 1897, eine neue steinerne Kirche zur Krönung von Kaiser Nikolaus II. zu bauen.

Im Jahr 1900 entwarf der Architekt Nikolai Juschkov das Projekt für eine neue dreischiffige Kirche für 1000 Personen, und der Bau wurde von der Diözesanleitung mit Mitteln der Gemeindemitglieder genehmigt. Den Auftrag für den Bau erhielt der Bauer Georgij Makarov aus der Omutinskaja-Wolost im Jalutorowski-Ujesd.

Die Kirche wurde am 13. Juli 1900 von dem Dekan Peter Burrow eingeweiht. Bis Mai 1905 war der Bau abgeschlossen, und auf die siebenkuppelige Kirche mit hohem Glockenturm wurden 9 vergoldete Kreuze gesetzt. 1906 wurden drei geschnitzte vergoldete Ikonostasen nach dem Entwurf von I.A. Chlopotow angefertigt, der auch die Wände und Gewölbe der Kirche malte.

Am 6. November 1906 weihte der Dekan Nikolai Burrow in Anwesenheit von acht Priestern den Hauptaltar im Namen des Heiligen und Wundertäters Nikolaus. In den folgenden Jahren wurden die Seitenaltäre geweiht: der südliche zu Ehren des heiligen Märtyrers Charalampos und der nördliche zu Ehren des Heiligen Theodosios von Tschernigow. Nach der Weihe des zentralen Altars wurde über einen Zeitraum von 10 Jahren eine steinerne Kirchenumfriedung mit Metallgittern gebaut, während die Kirche weiterhin mit Wandmalerei geschmückt wurde.

Die Nikolauskirche im Dorf Michailowskij wurde offiziell nicht geschlossen, hörte jedoch 1932 auf zu funktionieren, als im Gebäude ein Lager für „Zagotzerno“ eingerichtet wurde.

Zu Beginn der 1960er Jahre befand sich das Gebäude in einem notdürftigen Zustand, Risse traten in den Wänden auf, und die Kirchenumfriedung war vollständig zerstört.