Die Kirche des Heiligen Nikolaus ist die jüngste im Stadtgebiet und wurde am 5. Mai 1896 geweiht. Zuvor gab es im Dorf des Niederen Kyschtym-Werks, bekannt als "niedriges Werk", eine kleine, aber sehr schöne Kapelle mit mosaikverzierten Gewölben aus buntem Glas. Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts hatte sich Niedriger Kyschtym erheblich vergrößert: Hier lebten etwa zweieinhalbtausend Menschen, und der Bedarf an einer eigenen Kirche wurde offensichtlich. Die Mittel für den Bau wurden sowohl von den Dorfbewohnern als auch von den Werksbesitzern gesammelt. Bei der Auswahl des Projekts wurde Wert auf Eleganz und nicht auf Größe gelegt.

Die steinerne, fünfkuppelige Einraumkirche mit einer gestuften Glockenturm wurde im neorussischen Stil erbaut und mit ungewöhnlichen Kreuzen geschmückt, die in allen Farben des Regenbogens schimmerten. Das Geheimnis lag darin, dass die Konturen der Kreuze aus Kupfer gefertigt waren und das Zentrum mit buntem Glas gefüllt wurde. Die Kirche wurde auch mit prächtigen Schmiedeeisentüren und einer steinernen Umfriedung mit gusseisernen Säulen und Drahtgittern geschmückt. Im Jahr 1934 wurde die Kirche geschlossen, die Kuppeln wurden abgerissen und der Glockenturm abgetragen. Nach dem Krieg beherbergte das Gebäude einen Arbeiterclub und eine Kunstschule für Kinder, und aufgrund der hervorragenden Akustik wurde es als Konzertsaal und Standesamt genutzt. In den Reformjahren blieb das Gebäude unbeaufsichtigt, und erst 2004 wurde beschlossen, der Kirche ihr ursprüngliches Aussehen zurückzugeben.

Die Rekonstruktion der Kirche wurde ernsthaft angegangen, wobei Spezialisten aus Jekaterinburg und Tscheljabinsk hinzugezogen wurden, um die historischen Details so genau wie möglich nachzubilden, obwohl moderne Materialien und alte nicht immer harmonierten. Dennoch wurden dank historisch-archäologischer Forschungen die Kuppeln, Fassaden und Innenräume wiederhergestellt. Auch der elegante gusseiserne Dekor der Treppengeländer, Vordächer, Umfriedungen und Tore wurde rekonstruiert, und die Kuppeln wurden mit echtem Blattgold bedeckt.

Es gab Schwierigkeiten mit dem Glockenturm, und es musste praktisch ein neues Projekt entwickelt werden. Sieben Glocken wurden gegossen, darunter die 700 Kilogramm schwere Glocke mit dem Bildnis des Heiligen Nikolaus. Als die Arbeiten abgeschlossen waren, stellte sich heraus, dass unter den Gemeindemitgliedern kein Glockenläuter war, und sie mussten von den Nachbarn aus der Kirche der Herabkunft des Heiligen Geistes lernen. Die Weihe der renovierten Kirche des Heiligen Nikolaus fand an Ostern, dem 23. April 2006, statt.