Der steinerne Tempel wurde 1739 anstelle der alten hölzernen Kirche errichtet, die 1663 gebaut wurde. Der Hauptaltar befand sich im zweiten Stock, während im ersten Stock die warme Winterkirche lag, die dem Heiligen und Wundertäter Nikolaus gewidmet war.

Die im Stil des Naryschkin-Barock ausgeführte Kirche befindet sich derzeit in einem halbzerstörten Zustand, obwohl ihre Hauptkomposition erhalten geblieben ist.

Die Kirche der Moskauer Wundertäter hatte immer eine kleine Gemeinde, zu Beginn des 20. Jahrhunderts etwa 80 Personen, bestehend aus wenigen orthodoxen Bewohnern des Gebiets, in dem Muslime überwogen. Aufgrund der geringen Anzahl der Gläubigen blieb die Kirche klein, wurde praktisch nicht umgebaut und hatte oft finanzielle Schwierigkeiten.

In den 1870er Jahren war der bekannte kasanische Architekt Peter Ivanovich Romanov der Vorsteher der Kirche. 1897 wurde der Kaufmann Sergei Andrejewitsch Semljanow Vorsteher, unter dessen Leitung und hauptsächlich mit seinen Mitteln die Kirche renoviert wurde.

1898 wurde an der Umzäunung eine Kapelle zum Gedenken an Alexander III. erbaut, die bis heute in der Kirova-Straße steht. Auch das Gebäude, in dem der Klerus lebte und die kirchliche Schule untergebracht war, ist erhalten geblieben; heute befindet sich dort ein Kindergarten. In der zweiten Hälfte des 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden in der Kirche der Moskauer Wundertäter normalerweise Priester eingesetzt, die andere pädagogische oder administrative Positionen innehatten, da die kleine Gemeinde nicht genug Mittel zum Leben sicherte und keinen großen Aufwand erforderte. Zum Beispiel war Kronid Petrowitsch Weselitzki, der von 1902 bis 1912 in der Kirche diente, Religionslehrer an Mädchengymnasien, und sein Nachfolger Dmitri Ivanowitsch Zarewskij war Schatzmeister des Diözesanunterrichtsrates. D.I. Zarewskij diente bis zur Schließung der Kirche im Jahr 1929.

Einen Monat nach der Schließung zog die leerstehende Kirche die Aufmerksamkeit der Bauarbeiter der Walen-Schuhfabrik Tatpromstroy auf sich, die das Gebäude als Schule für Fabrikleiter nutzen wollten. Die Organisationsabteilung des ZK der Tatarischen Republik beschloss, die Kirche nicht zu zerstören, sondern sie als Lager für den Union Bread zu nutzen. Im März 1932 schlug jedoch der Vorsitzende des KGS dem Leiter des KZHStroja vor, mit dem Abriss mehrerer Kirchen, einschließlich der Kirche der Moskauer Wundertäter, zu beginnen. Die Arbeiten begannen mit dem Glockenturm, jedoch nicht aktiv, sodass er bis heute in halbzerstörtem Zustand erhalten blieb. Im Jahr 1933 wurde das Gebäude der Kirche endgültig zerstört. Lange Zeit befand sich im Vorsteherhaus ein Kindergarten, und im September 2000 wurden die verbliebenen Gebäude der Kirche der Moskauer Wundertäter dem Raifsky-Kloster übergeben.