Die Kirche zu Ehren der Lobpreisung der Heiligen Gottesmutter diente als warme Winterkirche der Prokopiewski-Kathedrale. Das erste Holzgebäude entstand im Jahr 1495. 1672 wurde auf Anordnung des Metropoliten von Rostow, Jona, und mit Mitteln des Kaufmanns Afanasius Guselnikow ein einstöckiger Steinhof mit einem Altar zu Ehren des Heiligen Alexius, Metropolit von Moskau, erbaut. 1690 wurde ein zweiter Stock hinzugefügt, der zu Ehren der Geburt Christi geweiht wurde und mit den Kreuzgewölben der Fürstenpaläste durch hölzerne Übergänge verbunden war. Nach dem Brand von 1715 wurde die Kirche 1716 vom Erzbischof von Veliki Ustyug und Totma, Joseph, wiederhergestellt und zu Ehren des Metropoliten Alexius, des Moskauer Wundertäters, geweiht. Ende des 17. Jahrhunderts wurde die Alexeiskirche Teil des Erzbischöflichen Hauses und in eine Hauskirche umgewandelt. 1820 wurde sie erneut der Prokopiewski-Kathedrale zugeordnet, und 1821 wurde die Schaffung des Ikonostase im oberen Stockwerk abgeschlossen, an der Prokopij und Andrej Sokolow sowie Peter und Nikolai Protopopow beteiligt waren. 1835 wurde der Ikonostase im unteren Stockwerk gefertigt, der zu Ehren der Kathedrale des Heiligen Johannes des Täufers geweiht wurde. 1868, nach dem Bau des warmen Tikhon-Kapitels der Prokopiewski-Kathedrale, wurden die Gottesdienste im ersten Stock der Alexeiskirche eingestellt, und dieser Stock wurde für Nebenräume genutzt. Von 1923 bis 1927 befand sich im Gebäude der Kirche das Provinzarchiv. 1941 wurden alle Räume des Erzbischöflichen Hofes für ein Krankenhaus genutzt, und seit 1948 befindet sich hier ein Krankenhaus für Veteranen des Großen Vaterländischen Krieges.