Der dem Heiligen Alexius, dem Metropoliten von Moskau, gewidmete Tempel wurde 1914 erbaut und wurde Teil der Kirche der Himmelfahrt des Herrn im Dorf Simowje im Tscherepanowski Bezirk. In den 1930er Jahren wurden die Geistlichen repressiert, und die Kirche wurde als Klub, Pionierhaus und später als Haus der Kinderkreativität genutzt, wo die Bühne an der Stelle des Altars stand, bis das Gebäude in den Besitz der Neusibirischen Diözese überging.

In den 1990er Jahren wandten sich die Bewohner von Tscherepanowo mehrfach an die Bezirksverwaltung mit der Bitte, das Gebäude der Kirche zurückzugeben, jedoch ohne Erfolg. Erst am 30. März 2006 beschlossen die Abgeordneten des Tscherepanowski Bezirks, das Gebäude der Diözese zu übertragen. Die Wiederherstellung der Kirche übernahmen der Abt Kirill Skakal'ski und die Brüder des Klosters zu Ehren aller Heiligen, die im Land Sibirien leuchteten, mit Unterstützung der Bezirksverwaltung. Der erste Gottesdienst fand an Weihnachten 2008 statt, und seitdem werden die Gottesdienste regelmäßig abgehalten.

Im Herbst 2008 übergab die Verwaltung der Diözese den angrenzenden Teil des Gebäudes des Hauses der Kinderkreativität mit einer Fläche von 440 Quadratmetern, der renovierungsbedürftig war. Dort wurden später die Mensa, die Bibliothek, die Buchhaltung, die Sonntagsschule, der Jugendclub, die Tischlerei und eine Garage untergebracht.

Im Mai 2010 wurde an der Fassade der Kirche ein Mosaikbild des Heilands angebracht. Im April 2011 begann mit dem Segen von Erzbischof Tikhon der Bau des Glockenturms, der im Sommer mit den Kräften der Klosterbrüder abgeschlossen wurde. Am 5. April 2012 weihte der Bischof von Iskitim und Tscherepanowo, Luka, die Glocken, und am 8. April fand der erste Bischofsgottesdienst unter seiner Leitung statt.

Am 21. Mai 2012 wurde der Kirche des Heiligen Alexius in Tscherepanowo der Status einer Kathedrale durch die Resolution des Heiligen Patriarchen von Moskau und ganz Russland, Kirill, verliehen.

Seit Juni 2014, mit dem Segen von Bischof Luka, begannen die Studenten der Ikonenmalerei-Abteilung des Neusibirischen Theologischen St. Makari-Instituts mit der Ausmalung der Kirche. Am 17. Oktober 2014 fand die feierliche Feier des 100-jährigen Bestehens der Kirche des Heiligen Alexius statt.