Die Weihe der Kirche dem heiligen Alexander Newski ist mit der wunderbaren Rettung von Kaiser Alexander II nach dem Attentat der Narodniks im Jahr 1866 verbunden. Ursprünglich war die Kirche dem heiligen Nikolaus von Myra geweiht, was mit dem Aufenthalt des Nikolaus-Wunders in Wologda im Jahr 1556 zusammenhängt.

Bis 1869 war der Hauptaltar der Kirche zu Ehren des heiligen Nikolaus von Myra geweiht. Der Bau der ursprünglichen Kirche steht im Zusammenhang mit der Ankunft einer Kopie des Nikolaus-Wunderbildes in Wologda im Jahr 1556. Dieses Bild, das aus Wjatka stammt, wurde auf Befehl von Iwan dem Schrecklichen im Jahr 1555 nach Moskau gebracht, um erneuert zu werden, und wurde durch die Flüsse Wjatka, Kama, Wolga, Oka und Moskau getragen. In Moskau wurde das Bild feierlich empfangen, eine Kopie angefertigt und eine Kapelle des heiligen Nikolaus von Myra im im Bau befindlichen Pokrowski-Kathedrale auf dem Graben errichtet. Der Rückweg des Bildes nach Wjatka im Jahr 1556 führte durch Wologda, Groß-Ustjug und Solwytschegodsk, wo in Städten und Klöstern Kopien erstellt wurden. Ursprünglich befand sich die Nikolaus-Kirche in Wologda auf dem Alten Markt gegenüber dem Iljinski-Kloster. Spätestens 1612 wurde sie in den Kreml zum Sofiaskathedrale verlegt, wo alle nachfolgenden Gebäude der Kirche errichtet wurden. Der Ort, an dem die neue Kirche errichtet wurde, wurde als Izvest' bezeichnet, später als Bekannte Berg, möglicherweise wegen der hier gelagerten Kalkvorräte, die beim Bau des Wologda-Kremls verwendet wurden.

Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts waren die Gebäude der Nikolaus-Kirche aus Holz. Im Jahr 1627 war es ein Zellenkloster mit einer Speisehalle. Im Jahr 1698 wird die Kirche im Zusammenhang mit einem Brand erwähnt, bei dem sie zusammen mit allen Gebäuden an der Uferstraße des Flusses Wologda von der Auferstehungskirche bis zur Sofiaskathedrale verbrannte. Das bestehende steinerne Gebäude der Kirche wurde in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts, jedoch nicht später als 1782, erbaut. Im Jahr 1811 wurde der Hauptaltar der Kirche in den Namen des Ungeschaffenen Bildes des Herrn umgeweiht. In der warmen Kirche, in der Speisehalle, wurden die Nebenaltäre geweiht: rechts im Namen des heiligen Nikolaus von Myra, links im Namen des heiligen Kyrill von Neoeser. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts, aufgrund der neuen Stadtplanungspolitik, die vorschrieb, in den zentralen Stadtvierteln Verwaltungsgebäude zu errichten, reduzierte sich die Gemeinde der Nikolauskirche in Izvest' erheblich. Nach 1826 wurde die Kirche ohne Gemeinde und dem Kathedralkirche zugeordnet, und die Gläubigen wurden der Pokrowski-Kirche zugewiesen. Im Jahr 1869, zur Erinnerung an die wunderbare Rettung von Kaiser Alexander II, wurde die Kirche in den Namen des heiligen Alexander Newski umgeweiht. In den 1860er Jahren wurde die Kirche innen renoviert und umgebaut, der Glockenturm mit Zeltdach wurde durch den bestehenden spitzen ersetzt.

Nach der Verlegung des 198. Alexander-Newski-Infanterie-Regiments nach Wologda im Jahr 1910 wurde die Alexander-Newski-Kirche zur einzigen Militärkirche der Stadt.

Im Jahr 1924 wurde die Kirche geschlossen. Das nationalisierte Gebäude wurde als Wohnheim, Lager, Verwaltung von „Glavkinoprokat“ und Skibasis genutzt. Während des Krieges in den Jahren 1941 und 1945 befand sich in dem Gebäude eine Militäreinheit. Während der Sowjetzeit wurde die Kirche stark beschädigt, der Glockenturm und das Kreuz über der kalten Kirche gingen verloren. Im Jahr 1978 wurde die Alexander-Newski-Kirche als Denkmal regionaler Bedeutung unter staatlichen Schutz gestellt. Nach der Restaurierung in den 1980er Jahren wurde das Kirchengebäude dem regionalen Heimatmuseum übergeben, und im Jahr 1997 wurde es an das Wologda-Erzbistum zurückgegeben. Der erste Priester der wiederbelebten Kirche wurde Priester Andrei Pyljow. Nach den Restaurierungsarbeiten fand am 20. November 1997, am Tag des Gedenkens an den heiligen Kyrill von Neoeser, die erste Liturgie statt. Am 6. Dezember 1997 wurde der Hauptaltar geweiht. Der Altar des Kyrill von Neoeser wurde nach dem Auffinden des Bildes des Heiligen, das eine der Gemeindemitglieder in die Kirche brachte, wiederhergestellt.