Auf dem orthodoxen Friedhof befanden sich neben der Kirche der Heiligen Geist auch drei weitere Filialkirchen. Eine von ihnen, die dem Heiligen Athanasius des Athos gewidmet war, lag im westlichen Teil des Friedhofs. Ursprünglich war sie ein Kloster und lange Zeit mit dem Spaso-Transfiguration-Kloster verbunden. Im Jahr 1653 übergab Zar Alexei Michailowitsch dem Kloster ein Grundstück, auf dem die Mönche eine Holzkirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus des Wundertäters errichteten, die den Mönchen und Arbeitern geistliche Unterstützung bot. 1744 ersetzte der Archimandrit Mephodij die Holzkirche durch eine steinerne, die im selben Namen geweiht wurde. Die alte Kirche wurde in den Klostergarten versetzt und zu Ehren des Heiligen Athanasius des Athos geweiht, der seit langem als Schutzpatron des Mönchtums galt.

Im Inneren der Kirche befand sich ein vierstöckiger Ikonostase, der 1892 mit Mitteln des Kaufmanns D.I. Artemjew geschaffen wurde. Die Seitenaltäre waren mit einstöckigen geschnitzten Ikonostasen geschmückt, von denen einer 1882 mit Mitteln des Kaufmanns V.I. Smirnov eingerichtet wurde. Die Wandmalerei der Kirche wurde 1847 unter Archimandrit Vassian ausgeführt und 1892 erneuert. Rund um die Kirche lagen die Gräber von Mönchen und Bürgern von Astrachan. Unter ihnen war der astrakhanische Selige Pjotr Andrejewitsch Sazonov, der links vom Chorgebet beigesetzt wurde.

Im Jahr 1923 wurde die Kirche der Heiligen Geist von den Renovationisten besetzt, während die anderen beiden Kirchen auf dem Friedhof versiegelt blieben. Die Kirche des Heiligen Athanasius des Athos wurde zur einzigen aktiven orthodoxen Kirche auf dem Friedhof. Nach der Besetzung der Kirchen des Erzengels Michael und der Einführung durch die Renovationisten wechselten die Gläubigen zur Athos-Kirche, die nun die Funktionen einer Pfarrkirche übernahm.

Im Jahr 1932 wurde die Kirche des Heiligen Athanasius des Athos geschlossen und bald darauf abgerissen. Lange Zeit erinnerte ein dreigeschossiges steinernes Pfarrhaus an sie, das als Wohnraum für die Geistlichen diente. In den 70er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde der westliche Teil des Friedhofs, auf dem die Kirche stand, zusammen mit dem Pfarrhaus abgerissen. Die Überreste einiger Geistlicher wurden auf den erhaltenen Teil des Friedhofs übertragen, während die anderen Gräber zerstört wurden. Anstelle des Friedhofs wurden Garagen für die Mitarbeiter des Parteikomitees gebaut, die bis heute erhalten geblieben sind.