Здание Городской думы было возведено в период с 1890 по 1892 год. До этого на его месте находился дом Губернских присутственных мест, построенный в 1820 году архитектором Евгением Паскалем. На фотографиях Москвы 1880-х годов можно увидеть его колонный портик и лаконичные стены. Во дворе этого здания располагалась долговая тюрьма, известная как "Яма".

В конце XIX века полномочия Государственной думы, находившейся в доме Шереметева на Воздвиженке, значительно расширились. Было решено построить для Думы новое здание, и для этого приобрели участок старых присутственных мест.

Объявили конкурс, где главным условием было оформление фасадов в стиле архитектурных памятников XVI-XVIII веков, чтобы здание соответствовало статусу старой столицы Российской империи и гармонировало с Историческим музеем. Из 38 представленных проектов победил проект архитектора Д.Н. Чичагова под девизом "Cedo majori" ("Уступаю старшему").

Освящение здания состоялось 1 мая 1892 года. На первом этаже разместились отделы Государственной думы, а на втором, большой зал для торжественных собраний, украшенный статуей Екатерины Великой работы М. Антокольского, которая сейчас находится в Царицынском дворце. Также на втором этаже был кабинет городского головы, которым в 1890-е годы был Н.А. Алексеев. 9 марта 1893 года он был убит в своем кабинете душевнобольным. Его последние слова были: "Я умираю, но счастлив, что это случилось на службе и что я верен присяге служить до последней возможности". Москва потеряла выдающегося государственного деятеля, который, иронично, выступал за строительство клиники для душевнобольных.

Центральный кокошник над входом в Государственную думу украшал образ Георгия Победоносца. В 1918 году его заменили на медальон с рабочим и крестьянином, созданный скульптором Г.Д. Алексеевым, в рамках программы монументальной пропаганды. На фасаде появилась надпись: "Революция, вихрь, отбрасывающий назад всех ему сопротивляющихся", а со стороны Исторического музея, "Религия, опиум для народа".

После революции в здании разместились отделы Московского совета, включая финансовый и статистический. В 1935 году здание реконструировали под руководством Л.З. Чериковера, а в 1936 году здесь открылся Центральный музей В.И. Ленина с 13 000 экспонатов.

Сегодня это филиал Исторического музея, который стал отличным выставочным пространством для музейных экспозиций.