Зачатьевский монастырь, основанный в 1360 году на Остожье по инициативе митрополита Московского Алексия, является старейшей женской обителью Москвы. Его первый деревянный храм был освящен в честь Зачатия святой Анны, что и дало название монастырю. Позже был добавлен престол в честь Алексия Человека Божия, в память об основателе. В 1514 году монастырь пострадал от пожара, а в 1547 году был настолько разрушен огнем, что его перенесли на новое место, где сейчас стоит храм Христа Спасителя, и переименовали в Алексеевский. В 1584 году царь Федор Иоаннович возродил монастырь на прежнем месте у Остоженки, но в начале XVII века он снова сгорел в Смутное время. Восстановление происходило на средства Михаила Федоровича Романова, и в дальнейшем архитектурный ансамбль претерпел множество изменений.

Собор монастыря носил название Зачатьевского, но главный престол был освящен в честь Рождества Богородицы. В хорах находился придел Зачатия святой Анны, а в трапезной, еще три придела. Каждое новое здание собора включало элементы предыдущих, и последний, построенный в 1805-1807 годах, содержал части из разных эпох. В целом Зачатьевский собор был выполнен в псевдоготическом стиле, популярном в Москве начала XIX века и воспринимавшемся как «подражание старине».

Главный вход в монастырь был через северные врата, над которыми в 1696 году на средства стольника Римского-Корсакова возвели одноглавую церковь Спаса Нерукотворного Образа, украшенную наличниками с «разорванными фронтонами», характерными для нарышкинского барокко. В западной части монастыря, при больнице и богадельне, архитектор М.Д. Быковский в 1844-1850 годах построил храм Сошествия Святого Духа в византийском стиле на средства вдовы полковника В.М. Головиной.

Монастырь был закрыт в 1924 году, и его здания заняли различные учреждения. Собор был снесен в 1930-х годах, на его месте построили типовое здание школы, храм Сошествия Святого Духа перестроили, а надвратная Спасская церковь избежала значительных изменений.

В 1991 году началось возрождение монастыря. В 1995 году здесь снова появились монахини, был отреставрирован храм Сошествия Святого Духа. После сноса школьного здания встал вопрос о восстановлении Зачатьевского собора. После долгих обсуждений было решено не возвращаться к проекту М.Ф. Казакова, а создать новый собор в русском стиле, на высоком подклете, где можно музеефицировать фрагменты фундаментов старых соборов XVI и XVIII веков. Во время реставрации монастырского комплекса было обнаружено древнее монашеское кладбище, на котором археологи сделали много открытий. В 2010 году завершилось строительство нового монастырского собора.

В 2018 году в Зачатьевском монастыре отреставрировали северный корпус келий и церковь Сошествия Святого Духа с больничным корпусом, построенные в XIX веке. Специалисты обновили штукатурное покрытие фасадов, покрасили стены, привели в порядок белокаменный цоколь и отмостки зданий. Также установили пандус на крыльце северного входа и заменили водосточную систему.

В 2020 году завершился еще один важный этап реставрации уникальной церкви Сошествия Святого Духа, в ходе которого были обновлены купола и кресты. Специалисты тщательно очистили их металлические поверхности, устранили дефекты, подготовили элементы к золочению и покрыли их сусальным золотом.