Музей, основанный в 1887 году, сегодня является одним из крупнейших на Северо-Востоке России. Он славится богатой коллекцией исторических и культурных памятников народов Якутии и известен как центр культурно-образовательной деятельности. Научные исследования музея ориентированы на его уникальные особенности. Основное направление, источниковедение, с акцентом на составление каталогов коллекций, археологию и этнографию Якутии, а также историю музейного дела в регионе и Сибири. Результаты научной работы сотрудников музея публикуются в научных сборниках, журналах и монографиях.

Музей является членом Союза музеев России и поддерживает тесные связи с российскими и зарубежными музеями и международными организациями. Впервые его признали на международной арене в 1981 году на выставке «Человек и его мир» в Монреале, Канада. С тех пор музей активно участвует в выставках, представляя свои коллекции в разных странах и регионах России.

На сегодняшний день у музея есть семь филиалов:

- Черкехский историко-мемориальный музей «Якутская политическая ссылка»;
- Республиканский музей истории государственности Республики Саха (Якутия) имени Максима Кировича Аммосова;
- Дом-музей «Якутская ссылка»;
- Мемориальный дом-музей Максима Кировича Аммосова;
- Дом-музей Емельяна Ярославского;
- Музей государственности Республики Саха (Якутия) им. Платона Алексеевича Ойунского;
- Музей государственности Республики Саха (Якутия) им. Исидора Никифоровича Барахова;
- Музей Боевой Славы (отдел).

Ежегодно музей и его филиалы посещают более 120 тысяч человек. В год проводится свыше 150 выставок и более двухсот культурно-образовательных мероприятий. В фондах музея хранится более 120 тысяч предметов основного и научно-вспомогательного фонда.