В «Атласе Калужского наместничества» 1782 года упоминается тракт, соединявший Козельск и Болхов, который проходил через Клюксы, Волосово, Хряпкино, Вейно и Верхний Передел, направляясь на юг. У деревни Клюксы был паромный переезд через реку. Однако после строительства мельничной плотины у села Булатово, уровень воды в нижнем течении реки сильно снизился, и паром заменили на деревянный мост, который возводили каждое лето. Эта дорога существовала ещё долгое время и способствовала развитию приречных и лесных сёл, таких как Хосцы, Дубновичи, Волковынка и Волосово-Звягино, расположенных южнее реки.

Последним владельцем усадьбы в Клюксах был А.Н. Ергольский. В 1895 году в деревне насчитывалось пять крестьянских общин. Две из них состояли из бывших крепостных крестьян помещицы Софьи Михайловны Астафьевой, которая позже стала схимонахиней Софией и первой настоятельницей Шамординского монастыря. Одна община состояла из поселян помещика Шахнина, другая из крестьян помещика А.Н. Ергольского, и ещё одна из дворни князя Дмитрия Александровича Оболенского, члена Государственного Совета.

Согласно 10-й ревизии 1858 года, в Клюксах было 45 крестьянских дворов, 213 мужчин и 209 женщин. К 1895 году количество дворов увеличилось до 89, а население, до 272 мужчин и 289 женщин. Местных промышленников в Клюксах не было, но 37 мужчин занимались отхожими промыслами.

До наших дней сохранился главный дом усадьбы, выполненный в стиле классицизма, и остатки плодового сада. Здание было построено в начале или середине XVIII века.

Во время Великой Отечественной войны в усадьбе Клюксы располагался военный госпиталь, а позже там находилась школа. Сейчас здание пустует и разрушается.