Томский мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» находится в подвале здания, где с 1923 по 1944 годы располагалась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Прилегающая территория служила внутренним двором тюрьмы, а сейчас там находится Сквер Памяти. В 1992 и 2011 годах здесь установили памятник жертвам большевистского террора на томской земле и памятные знаки репрессированным калмыкам, полякам, эстонцам и латышам.

Экспонаты музея позволяют посетителям ознакомиться с подлинными документами и их копиями, связанными с ведением следствия и допросами. В коллекции есть вышивки, карты и поделки, сделанные в тюрьмах и в ссылке.

Посетители могут представить, каково было заключенным, прогуливаясь по коридорам, которые реконструированы. Также можно заглянуть в камеру для подследственных и кабинет следователя, где проводились допросы.

В четырех залах музея, бывших камерах, расположены разделы постоянной экспозиции, такие как «Хроника репрессий на Томской земле», «Большой террор», «Расстрельный крест», «Белостокская трагедия», «ЧСИРы», «Их трагические судьбы», «Судьба священника», «Колпашевский яр», «ГУЛАГ и спецпереселенцы Нарымского края», «Подземный расстрельный коридор», оформленный скульптурной композицией «Уходящий в небытие», а также персональные стенды с биографическими материалами и документами расстрелянных в Томске.

Первым почетным гостем музея стал писатель и лауреат нобелевской премии А.И. Солженицын, который посетил Томск в 1994 году, возвращаясь на родину из изгнания. Первая выставка открылась в 1995 году.

В Мемориальном музее «Следственная тюрьма НКВД» есть выставочный зал для временных выставок, просмотров фильмов и встреч с населением. Музей обладает богатым медиаархивом, содержащим информацию о 200 тысячах человек. Эти истории в основном о раскулачивании, депортации, расстрелах, ссылках и каторжных работах.

При музее функционирует библиотека, формируются видео- и фотоархив, коллекция архивных документов и публикаций в периодической печати, что позволяет посетителям и исследователям глубже изучить некоторые трагические периоды российской истории.