Монастырь был основан в середине XVII века схимонахом Мефодием, а первым строителем стал его сподвижник Иларион, который позже стал митрополитом Суздальским и Юрьевским. Пятиглавый соборный храм Успения Божией Матери начали строить в 1680 году, а освятили 30 сентября следующего года митрополитом Смоленским Симоном в присутствии царя Фёдора Алексеевича. На рубеже XVIII века был построен настоятельский корпус, который сохранился до наших дней. До закрытия монастыря в 1923 году здесь хранились особо чтимые иконы Божией Матери, такие как Владимирская, написанная Иваном Чириным в 1464 году, икона Успения, копия Киево-Печерской, Цареградская времён Илариона, Одигитрия, Троеручица, дар патриарха Никона, копия Киккской. В соборе находились иконы, написанные знаменитым царским иконописцем XVII века Симоном Ушаковым, такие как Успения, Вседержителя и Кипрская. Ризница пополнялась дарами царя Фёдора Алексеевича и его бояр. В библиотеке хранились ценные рукописи, старопечатные книги и документы XVII и XVIII веков. Монастырь имел больницу для братии и странноприимный дом, а также был связан с Знаменским Красногривским монастырём в Гороховце, основанным в 1670 году. В XVIII веке здесь нашёл приют князь Борис Алексеевич Голицын, который принял постриг под именем Боголеп. Монастырь был закрыт 1 апреля 1923 года и частично разрушен. До 1995 года рядом с монастырём находился лесопромкомбинат Министерства обороны.

В 2005 году Священный синод Русской православной церкви благословил преобразование прихода Успения Божией Матери в посёлке Фролищи Володарского района Нижегородской области в Свято-Успенский мужской монастырь Флорищева пустынь.

23 августа 2006 года в храме Святой Живоначальной Троицы состоялась первая божественная литургия архиерейским чином. 31 мая 2007 года архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий освятил храм во имя Пресвятой Троицы. В настоящее время восстановлены надвратная церковь Петра и Павла, тёплая церковь Троицы Живоначальной с братской трапезной келией, 49-метровая колокольня с новыми колоколами и часами-курантами, настоятельский и казначейский корпуса. Восстанавливается пятиглавый собор Успения Пресвятой Богородицы: установлены новые главы, отремонтированы фасад и кровля, идёт реставрация внутреннего убранства и рухлядного корпуса. Все остальные объекты монастыря покрыты кровлей и очищены от мусора в преддверии восстановления.

Летом 2008 года исследование фундамента Успенского собора показало, что он в хорошем состоянии. Фундамент был укреплён, стены, своды и внутренние перегородки отремонтированы, сооружена кровля, утеплён пол и вставлены окна.

12 июля 2009 года архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий провёл божественную литургию в Церкви Святой Троицы. Крестные ходы вокруг пустыни проходят 29 июня и 15 августа.

В августе 2009 года художники мастерской «Традиция» при нижегородском соборе Александра Невского завершили роспись алтаря храма святых апостолов Петра и Павла, используя византийские образцы XII века.

14 декабря 2012 года епископ Выксунский и Павловский Варнава совершил Великое освящение надвратного храма в честь святых апостолов Петра и Павла и преподобного Ефрема Сирина. В 2019 году в селе Нуча Ардатовского района было открыто подворье монастыря.