В начале XX века территория монастыря находилась за пределами города и, вероятно, была пустующей. Комитет по строительству монастыря был создан 16 мая 1903 года, а 17 февраля 1904 года городская дума одобрила передачу участка под архиерейское подворье Саратовской епархии, где Царицын занимал второе место по значимости. В 1905 году здесь появились первые постройки, включая летнюю церковь Сошествия Святого Духа на апостолов, которая изначально вмещала около 100 человек, с четвериком размером 12×12 метров и небольшим домом пономаря. Вероятно, автором этих зданий был епархиальный архитектор Алексей Салько. Трапезная и колокольня были добавлены к церкви только в 1907 году, а освящение состоялось 28 октября.

С 1 марта 1908 года Гермоген назначил иеромонаха Илиодора заведовать подворьем, который был переведён в Саратовскую епархию за свою литературную деятельность в Почаевской лавре.

В 1913 году монастырь стал женским.

В 1923 году монастырь закрыли, а его здания были переданы различным учреждениям. Во время Великой Отечественной войны здесь находились ремонтные мастерские, а позже, воинская часть.

В апреле 2010 года в монастыре открылся фазанарий с несколькими редкими птицами. За его благоустройством следят монашествующие и студенты Православного университета.

В 2011 году к обители была приписана часовня Иоанна Богослова, расположенная на склоне берега реки Царицы у Второй Продольной магистрали.

На начало 2012 года число монашествующих составляло 13 человек.