С XIV века в селе Вотча существовал монастырь, основанный святителем Стефаном Пермским. В XVIII веке монастырь был закрыт, и к началу XX века в селе осталась приходская кирпичная церковь Рождества Пресвятой Богородицы, построенная в 1829-1841 годах, которая до сих пор сохранилась в полуразрушенном состоянии.

В 1996 году монастырь был возрожден как Вотчинский Стефано-Афанасьевский мужской монастырь. В том же году был освящен храм в честь Виктора (Островидова).

В 1999 году, после того как настоятель Стефан (Бабаев) и братия ушли в раскол и перешли под юрисдикцию РПЦЗ (или РосПЦ), 6 октября монастырь был воссоздан как женский. Из-за отсутствия помещений для женской обители, подворье женского монастыря разместили на противоположном берегу реки Сысола, в поселке Первомайский.

Мужской монастырь стал центром большого Коми благочиния РПЦ Заграницей, объединяющего значительную часть Севера России. «Отколовшиеся» утверждают, что их благочиние охватывает не только Коми, Карелию, Вологодскую область, но и Финляндию и другие скандинавские страны. Это связано с тем, что зарубежная церковь разделилась на сторонников митрополита Виталия, который радикально настроен против Московской Патриархии, и архиепископа Лавра, более умеренного. Вотчинцы примкнули к радикальной группе. У митрополита Виталия осталось сравнительно немного последователей, поэтому коми-зарубежники стали центром большого благочиния.

Церковь Виктора (Островидова), епископа Глазовского, в Стефано-Афанасьевском Вотчинском монастыре освящена в честь епископа Щадринского Виктора (Островидова) (1875-1934). Это небольшая деревянная церковь на подклете, построенная в 1994-1996 годах при поддержке писателя Ю. А. Екишева. Она представляет собой четверик, увенчанный двумя уменьшающимися по ширине восьмериками, с алтарем и притвором, а также отдельно стоящей колокольней.