В начале XX века в деревне Малый Красный Яр, входившей в Николевскую волость Николаевского уезда Самарской губернии, действовали две раскольнические моленные. Помимо православия, здесь традиционно был распространён раскол. В 1906 году в Красном Яре проживали 776 православных мужчин и 822 женщины, а также 41 мужчина и 39 женщин-беспоповцев, и 129 мужчин и 143 женщины-беглопоповцев. В том же году последняя община построила молитвенный дом на своей земле. В 1910 году в селе насчитывалось 510 домохозяйств с 1097 мужчинами и 1126 женщинами. Беглопоповская моленная закрылась в 1930-х годах.

В 1911 году благодаря усилиям епископа Уральского Тихона и других жертвователей в Малом Красном Яре была построена единоверческая церковь во имя Казанской иконы Божией Матери. Здание церкви было деревянным на каменном фундаменте, с колокольней, железной крышей и одним престолом. В штат причта входили священник и псаломщик. Единоверческий приход насчитывал 28 дворов, 70 мужчин и 71 женщину. В селе также проживали 78 мужчин и 90 женщин-раскольников австрийского толка, 170 мужчин и 180 женщин-беспоповцев, и 150 мужчин и 155 женщин-беглопоповцев. В 1912 году беглопоповцы успешно ходатайствовали о строительстве своего деревянного молитвенного дома, который был возведён и открыт через год.

При Советской власти село стало центром Мало-Красноярского сельсовета Николевской волости Пугачёвского уезда. В 1926 году в Малом Красном Яре было 210 домохозяйств, 504 мужчины и 571 женщина. Вместо приходской школы открылась новая начальная школа, а богослужения в молитвенных домах и единоверческой церкви прекратились.