Первоначально монастырь был посвящен двум праздникам: Успению Божией Матери и Всех Святых. С момента основания в нем находились две деревянные церкви. В Писцовой книге 1566 года, первом описании Зилантова монастыря, упоминалось: "В монастыре церковь Успения Пречистой Богородицы и теплая церковь Всех Святых, а все строения возведены на средства из государственной казны". "Теплая" церковь означала, что она была маленькой и удобной для отопления зимой. В 1566 году она выглядела скромно и даже бедно, с невысоким иконостасом в два яруса. Это была бревенчатая церковь-изба, чуть больше часовни, вмещавшая зимой 13 человек: 10 старцев, священника и дьякона. Лишь в 1681 году теплая церковь была построена из камня. Храмы Успения и Всех Святых, стоявшие по диагонали, соединялись изящной каменной галереей. За более чем 300 лет существования облик этих сооружений менялся множество раз. До 1829 года церковь была одной, затем перестроенной в 1830-1895 годах, и третьей с 1898 года. Прежним оставался лишь фундамент и некоторые стилистические черты конца XVII века. Мы почти не знаем, как выглядел храм Всех Святых в конце XVII-XVIII веках, ни снаружи, ни внутри. Иконы, вероятно, оставались теми же, что и в XIX веке, и почти все они сохранились до революции. К началу XIX века храм сильно обветшал. Средства, накопленные за 23 года управления архимандрита Амвросия, позволили провести капитальную реставрацию церкви. В 1829 году она была полностью обновлена и заново освящена, эта дата значилась на антиминсе главного алтаря и впервые устроенного придела апостолов Петра и Павла. В двухэтажном здании разместились братские кельи, трапезная и кладовые, а сам храм находился на втором этаже с тяжелой колокольней над ним. Интерьер был роскошным и великолепным. В 1895 году церковь была полностью разобрана и к 1898 году возведена заново по проекту архитектора Ф. Малиновского, который сильно отличался от прежнего. В таком виде храм восстановлен и сейчас, спустя век после долгого запустения в советское время. В 1998 году церковь Всех Святых возродилась, а в 2000 году была освящена как церковь Успения Пресвятой Богородицы.