Соборный храм обители, посвящённый Покрову Пресвятой Богородицы, отличался оригинальной архитектурой в форме корабля с пирамидальным куполом, увенчанным одной главой с позолоченным крестом. Верхняя часть храма состояла из четырёхгранных уступов, которых было четыре, и благодаря им его стиль напоминал восточные сооружения. Эти ярусы, широкие у основания и сужающиеся кверху, когда-то были украшены лепными алебастровыми вазами, но к началу XX века они исчезли. В храме имелось три входа с западной, северной и южной сторон, к которым вели каменные площадки с тремя-четырьмя ступенями. Алтарь был квадратной формы с полукруглой восточной стеной, освещаемой четырьмя окнами. Центральная часть храма имела два больших полукруглых окна, а у клиросов находились два небольших окна. Трапеза освещалась двумя рядами окон, по четыре в каждом, только с южной стороны, так как с северной к ней примыкало двухэтажное каменное здание ризницы, построенное вместе с храмом. До 1893 года над западной частью храма стояла круглая колокольня пирамидальной формы, доступ к которой был из церковного притвора. Позже её заменили каменным фронтоном с главой и железным позолоченным крестом. Изначально иконостас, созданный при митрополите Сампсоне, состоял из семи ярусов, но в 1861 году при игумене Феофиле его переделали, сократив на один ярус. Нижняя часть иконостаса была украшена четырьмя резными позолоченными колоннами и резьбой. Трапеза отделялась от центральной части храма круглой аркой, в верхней части которой в 1792 году архиепископом Тихоном были устроены деревянные келии на каменных столбах. В них он проводил всё своё время и умер 14 января 1793 года. В начале XX века при архимандрите Митрофане эти келии были разобраны. Первоначально храм не имел росписей и был окрашен светло-голубой краской под мрамор. Только при архимандрите Митрофане в трапезе появились изображения святых.