Монастырь был основан в конце XV века монахом Воскресенского Череповецкого монастыря Севастьяном. Первую часовню он построил своими руками. Со временем люди, вдохновленные подвижнической жизнью святого Севастьяна, которого стали называть Сохотским, начали селиться рядом с ним. Так возникло общежитие, ставшее основой для создания монастыря. С 1622 года монастырь был приписан к Череповецкому Воскресенскому монастырю. В 1764 году Сохотский монастырь был закрыт. На момент его упразднения к нему было приписано всего три души, так как из-за удаленности в глухих лесах и болотах монастырь всегда оставался очень бедным. После закрытия и до середины XIX века на этом месте стояла часовня. В 1889 году монастырь был возрожден как Севастьянов Сохотский Спасо-Преображенский женский монастырь. В 1910 году был построен каменный храм, который разрушили в 1930 году. На момент закрытия и разрушения в монастыре проживало 130 монахинь. В советское время на месте монастыря находился поселок лесорубов Сохоть, который сейчас исчез.