В 1864 году дочь генерал-майора Е. А. Копьева основала женскую общину в своей усадьбе в память о преподобном Серафиме Саровском. Спустя пять лет община была преобразована в монастырь.

В монастыре находилась чудотворная икона Божией Матери «Знамение», созданная в 1879 году насельницей Клавдией Войлошниковой. Икона стала известной благодаря чудесному сиянию лика Божией Матери и движению Её глаз 14 мая 1885 года, а также исцелениям, происходившим по молитвам перед ней.

В 1925 году монастырь был закрыт.

К 2009 году в одном из корпусов разместился скит с главкой и крестом. В других зданиях находится интернат для душевнобольных, а дирекция интерната расположена в здании с колокольней. Школа, ранее располагавшаяся в бывшей гостинице для паломников, была закрыта в 2010 году.

30 января 2010 года в Понетаевском скиту впервые после закрытия Серафимо-Понетаевской обители была проведена Божественная литургия архиерейским чином.

25 сентября митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий провёл чин Великого освящения храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».