Одним из ключевых этапов в истории российского дипломатического присутствия в Святой Земле стало открытие Российского генерального консульства в Иерусалиме. Оно было учреждено в 1858 году. Первоначально доставкой паломников занималось Российское Общество пароходства и торговли (РОПИТ), для чего в Иерусалиме было открыто его агентство. Однако с 1882 года эту функцию взяло на себя Императорское Православное Палестинское Общество (ИППО). Если в 1858 году на Пасху в Иерусалим приезжало до 800 паломников, то к 1912 году их число возросло до 6 тысяч. Это активное паломническое движение требовало постоянного консульского присутствия России в Иерусалиме, и уже в 1858 году были предприняты соответствующие шаги.

Министр иностранных дел Российской Империи А.М. Горчаков в своем докладе Императору Александру II от 19 апреля 1858 года предложил назначить агентом РОПИТа В.И. Доргобужинова на должность русского консула в Иерусалиме. Император утвердил это предложение 13-14 декабря 1858 года. В результате в декабре 1858 года в Иерусалиме было открыто Российское консульство, состоящее из консула и секретаря.

Российский посланник в Константинополе А.П. Бутенев утвердил инструкцию, согласно которой В.И. Доргобужинов должен был следить за русскими паломниками, поддерживать отношения с турецкими властями и консулами других стран. Консульству было позволено самостоятельно решать практические вопросы в сотрудничестве с начальником Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, а в сложных ситуациях обращаться к посланнику в Константинополе. Для строительства постоянного здания консульства в 1859 году В.И. Доргобужинов приобрел участок земли в старом городе Иерусалима, но из-за обнаруженных археологических находок участок был передан ИППО, где позже построили Александровское подворье.

В итоге участок для консульства был выделен на Мейданской площади, и здание было возведено в рамках строительства Русских построек в центре западного Иерусалима в период с 1859 по 1864 годы.

С 1879 года Российское консульство в Иерусалиме возглавлялось генеральными консулами, а в 1891 году его статус был повышен до Генерального Императорского Российского консульства. До 1878 года русские консулы совмещали дипломатическую службу с обязанностями агентов РОПиТ.

Наиболее успешный период работы консульства продолжался до 1914 года, особенно в годы руководства А.Г. Яковлева (1897-1907). В 1914 году, из-за войны с Османской империей, российские дипломаты покинули Иерусалим и эвакуировались в Египет. Турецкие войска заняли здание консульства, а в 1917 году британские власти разместили там свой административный корпус.

После 1948 года израильские власти заняли здание консульства и сдавали его в аренду. В 1964 году здание было продано советским правительством в рамках «апельсиновой сделки», законность которой до сих пор оспаривается историками.

Сегодня здание бывшего Российского Императорского генерального консульства используется различными отделами муниципалитета Иерусалима. На фасаде сохранилась историческая каменная таблица XIX века с инициалами Николая II.