Решение о масштабной реконструкции было принято в конце 1840-х годов, и одним из ключевых элементов этого плана стало строительство нового крупного храма в честь Божией Матери "Умиление". Чертежи были подготовлены довольно быстро, и уже в 1851 году император Николай I их утвердил. Проект предусматривал возведение значительного по размерам пятиглавого четырёхстолпного храма в "византийском стиле", который благодаря усилиям известного архитектора К. Тона стал преобладать в русской архитектуре. Этот стиль основывался на мотивах средневековой византийской храмовой архитектуры, стилизуя их. Он идеально соответствовал официальной доктрине того времени, основанной на принципах "Православие, Самодержавие, Народность", и воплощал идею преемственности между Россией и Византией. Однако строительство храма было задержано из-за Крымской войны, которая оказалась неудачной для страны. Возведение новой церкви, которая стала величественным "обрамлением" гробницы основателя Аврамиево-Городецкого монастыря, продолжалось десять лет, и в 1867 году храм в честь иконы Божией Матери "Умиление", расположенный у северной стены древнего Покровского собора, был освящён.

К концу советской эпохи собор в честь иконы Божией Матери "Умиление" находился в плачевном состоянии. Однако к 1994 году удалось многое восстановить, в частности, очистить крипту от обломков кирпича и мусора, привести её в порядок и установить гробницу над мощами преподобного Авраамия Городецкого. 1 августа 1914 года, когда отмечалась память преподобного, которую с давних времён сдвинули на один день, чтобы не совпадала с празднованием пророка Илии, архиепископ Костромской и Галичский Александр провёл в соборе первую после закрытия монастыря Божественную литургию. За день до этого наместник монастыря архимандрит Никандр совершил малое освящение храма, в котором ещё не было иконостаса, а вдоль стен стояли строительные леса. В июне 1996 года архиепископ Александр освятил восстановленный собор со всеми приделами: в честь иконы Божией Матери "Умиление", во имя пророка Илии и во имя преподобного Авраамия.