Дмитрий Никифорович Кайгородов был специалистом в области лесной технологии, орнитологии, педагогом и популяризатором естествознания, а также почётным профессором Санкт-Петербургского Лесного института. Его называют «отцом русской фенологии», науки, изучающей сезонные изменения в развитии растений и животных, сроки их наступления и причины, которые эти сроки определяют.

На протяжении почти 50 лет он ежедневно фиксировал свои наблюдения за природой. С 1875 года Кайгородов преподавал в Лесном институте, где ему была предоставлена служебная квартира. Осенью 1903 года он получил участок земли возле Серебряного пруда для строительства жилого дома с правом последующего выкупа. «Сбылась моя заветная мечта, писал учёный, обосноваться собственным домиком на собственной земле».

Для строительства дома Кайгородов организовал семейный подряд: его старший брат Иван Никифорович разработал общий план особняка к весне 1904 года, фасады спроектировал зять, военный инженер Пётр Петрович Маресев, а внутренней отделкой занимался сын профессора Анатолий. Двухэтажный дом был заложен в июне 1904 года и завершён через полтора года. Вокруг дома разбили сад с небольшим круглым прудом, окружённым соснами и шиповником. Особняк получил название «Дом у Золотого пруда» благодаря жёлтой сосновой пыльце, падающей на воду, и солнечным лучам, придающим воде золотистый оттенок.

После смерти Кайгородова 11 февраля 1924 года его семье пришлось пережить трудные времена. В 1929 году наследники продали дом за 25 тысяч рублей, так как не могли его содержать. В 1930-х годах особняк использовался службами Центрального научно-исследовательского института лесного хозяйства. В ходе перестройки района Золотой пруд был засыпан, и к началу 1970-х годов на его месте появилась детская площадка.

В 1999-2000 годах архитектор Василий Никифорович Питанин провёл реконструкцию здания, восстановив элементы фасадов и интерьеров, включая печи и камины. Устройство мансарды было выполнено деликатно, практически не изменив облик памятника. Сейчас здание находится в отличном состоянии и в нём располагается Департамент лесного хозяйства по Северо-Западному Федеральному округу.