Новое здание Пензенской духовной семинарии было возведено на территории усадьбы известной благотворительницы Марии Михайловны Киселевой. Перед смертью она завещала продать усадьбу с условием строительства на ее территории церкви. В 1889 году духовное ведомство приобрело усадьбу площадью 5 десятин 830 кв. саженей для размещения семинарии. Строительство началось 17 мая 1894 года по проекту архитектора В. Елкашева из Хозяйственного управления Святейшего Синода. Руководил работами инженер-архитектор А. Г. Старжинский, заведующий Пензенским губернским строительным отделением. Это был первый случай, когда здания для духовных учебных заведений строились на казенные средства под наблюдением специально избранного комитета. Обычно такие проекты реализовывались через торговые контракты, но в Пензе не нашлось желающих взять на себя эту масштабную стройку.

Работы начались 12 мая 1894 года, а 12 сентября 1899 года здание было признано готовым к эксплуатации. 23 сентября 1899 года состоялось освящение храма во имя св. Иннокентия, Иркутского Чудотворца, и всего семинарского корпуса. Церемонию провел епископ Павел в сослужении восьми протоиереев. На молебне по случаю начала занятий в новом здании присутствовало до 30 протоиереев и священников, после чего прошел торжественный акт. В храме выделялся иконостас, выполненный местным мастером А. Д. Давыдовым по рисунку художника М. Иванова. Иконы, представлявшие собой копии с икон Владимирского собора в Киеве, написал художник Н. К. Грандковский, а запрестольную икону Воскресения Христова, московский художник Н. П. Богданов. Семинария функционировала здесь до 1918 года.

Среди ее выпускников были народный артист РСФСР режиссер И. Я. Судаков, доктор филологических наук Б. К. Пашков, доктор ветеринарных наук И. А. Гусынин и художник М. М. Берингов. После революции в здании располагалась совпартшкола (1922, 1936), затем газетная краевая школа, а позже управление Пензенской железной дороги.

В 1943 году здесь открылся индустриальный институт, который в 1955 году окончил Герой Советского Союза, летчик-космонавт В. И. Пацаев. В 1958 году институт был преобразован в политехнический, а в 1993 году получил статус технического университета, который 25 января 1998 года стал Пензенским государственным университетом.