Свято-Николаевская женская обитель была официально открыта 22 мая 2018 года в селе Покровка Новосергиевского района Оренбургской области. Первое архиерейское богослужение состоялось в «Священных пещерах» региона. Создание монастыря было одобрено на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви.

Настоятельницей обители стала монахиня Иоанна Боярская, которая подарила владыкам Вениамину и Алексию иконы покровителя монастыря. Митрополит выразил надежду, что в следующем году в области может появиться ещё один соборный храм. Открытие завершилось крестным ходом от места Литургии к будущему храму обители, где был освящен крест.

История Никольского монастыря начинается в 1896 году, когда на берегу Самары у Покровки поселился отшельник Захарий Карцев. Ему явилось видение, в котором Иоанн Кронштадтский указал место для строительства мужского монастыря. В ходе работ у Захария появились последователи, с которыми он создал разветвленную подземную сеть. Позже был построен братский корпус с трапезной и часовней, а в 1909 году Священный Синод учредил Николаевский скит. Через четыре года он стал самостоятельным монастырем. В голодные годы обитель поддерживала местное население, имея богатое хозяйство. Во время Первой мировой войны здесь действовал лазарет для раненых. После революции имущество монастыря было национализировано, а в 1922 году, после смерти игумена Зосимы, монахи были изгнаны.

Возрождение Святых Пещер началось в 2002 году. В 2005 году был освящен храм Рождества Иоанна Предтечи, а в пещерах открылся новый подземный храм в честь святых Антония и Феодосия Печерских. На месте разрушенных храма, часовни и монастырского кладбища установили кресты, построили колокольню, освятили колодец и часовню.