Михаил Васильевич Нестеров родился 19 мая 1862 года в Уфе в интеллигентной купеческой семье с религиозно-патриархальным укладом. Его мать, Мария Михайловна, была из старинного купеческого рода Ростовцевых из Ельца и обладала властным характером. Отец, Василий Иванович Нестеров, занимался торговлей мануфактурными и галантерейными товарами, но больше интересовался историей и литературой. Он поддерживал художественные увлечения сына, за что Нестеров был ему благодарен всю жизнь.

До двенадцати лет Михаил жил в Уфе, учился в гимназии и вспоминал это время с теплотой. Его детство было наполнено любовью к родному дому, родителям и природе. Как отмечал его друг Сергей Дурылин, у Нестерова с детства было сильное влечение к природе и её красоте.

Школьные годы он провёл в Оренбургской мужской гимназии в Уфе. Осенью 1874 года по настоянию отца переехал в Москву для поступления в техническое училище, но не выдержал экзаменов и поступил в реальное училище К. П. Воскресенского. В 1877 году, по совету Воскресенского, поступил в Московское училище живописи, ваяния и зодчества, где учился у П. С. Сорокина, И. М. Прянишникова и В. Г. Перова. С 1879 года Нестеров участвовал в ученических выставках, создавая картины на бытовую тематику, такие как «В снежки» и «В ожидании поезда».

В 1881 году он переехал в Петербург и поступил в Академию художеств, но в 1882 году вернулся в Москву, чтобы вновь учиться у Перова. После смерти Перова, Нестеров поступил в Училище живописи, где учился у А. К. Саврасова и В. Е. Маковского. В это время он создавал жанровые картины на исторические темы и работал над иллюстрациями для журналов и книг.

В 1885 году за картину «Призвание М. Ф. Романова на царство» получил звание свободного художника. В конце 80-х годов он стал известен как автор картин на исторические темы, отражающих его интерес к допетровской эпохе. Летом 1885 года он женился на М. И. Мартыновской, но в 1886 году его жена умерла при рождении дочери Ольги. Образ жены стал важным мотивом в его последующих работах.

Картина «Пустынник», созданная в 1888-1889 годах, стала первой значительной работой Нестерова и была приобретена П. М. Третьяковым. На полученные деньги он отправился в заграничное путешествие, посетив Австрию, Италию, Францию и Германию.

Картина «Видение отроку Варфоломею», основанная на «Житии преподобного Сергия», стала сенсацией XVIII Передвижной выставки и была приобретена Третьяковым. Нестеров считал её своим лучшим произведением и посвятил более 50 лет творческой работы образу Сергия Радонежского.

С 1889 года Нестеров участвовал в деятельности Товарищества передвижников. В 1890 году его пригласили работать над росписью Владимирского собора в Киеве. Он посвятил более 22 лет церковным росписям и иконам, изучая византийское искусство в Риме, Палермо, Константинополе и Равенне.

Нестеров также работал над росписями в других храмах, включая дворцовую церковь Александра Невского в Абастумане и Марфо-Мариинскую обитель в Москве. Последней его церковной работой стала роспись Спасо-Преображенского собора в Сумах.

Работа над росписями храмов оказала значительное влияние на творчество Нестерова, в котором особое место занимает религиозная тема. В 1895 году он создал картину «Под благовест», которая была благосклонно воспринята на Передвижной выставке и способствовала его избранию в члены Товарищества передвижников.

Нестеров неоднократно бывал в Ялте, где общался с известными писателями и художниками. В своих воспоминаниях он отмечал, как многие люди были притянуты к дому, где он останавливался.