Великоустюгский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник представляет собой многопрофильный музейный комплекс. На его балансе находятся 27 памятников федерального значения, из которых 15 открыты для посещения. Особую ценность составляют такие объекты, как собор Успения Пресвятой Богородицы XVII-XVIII веков, собор Прокопия Праведного XVII-XIX веков, Михайло-Архангельский собор XVII века, Троицкий собор Троице-Гледенского монастыря XVII-XVIII веков, церковь Вознесения XVII века, церковь Симеона Столпника XVIII века и церковь Дмитрия Солунского XVIII века. В интерьерах этих храмов сохранились резные позолоченные многоярусные барочные иконостасы XVIII века.

В 2007 году было завершено создание современного депозитария для хранения музейных фондов. Здесь находятся хранилища, экспозиции открытого доступа, реставрационные мастерские и лекционно-выставочный зал. В фондах хранится свыше 114 тысяч предметов, многие из которых уникальны. Музей-заповедник обладает редкими коллекциями иконописи, культовой скульптуры, этнографии, нумизматики, черни по серебру, резьбы и росписи по бересте, а также редких книг и документов.

В структуру музея-заповедника входят пять музеев: Музей истории и культуры Великого Устюга, Музей этнографии, Музей древнерусского искусства, Музей природы и Музей новогодней и рождественской игрушки, а также фондохранилище. В каждом из них, как и в фондохранилище, предлагаются не только традиционные экскурсии, но и интерактивные занятия и мастер-классы, пользующиеся неизменной популярностью.

Ежегодно в залах музея открывается более 10 новых выставок, а экспозиции постоянно обновляются. Музей также демонстрирует памятники архитектуры XVII-XVIII веков с сохранившимися иконостасами и монументальной живописью.

Основные направления деятельности музея включают реставрацию памятников архитектуры, хранение и научную обработку фондовых коллекций, научно-исследовательскую, экспозиционно-выставочную и научно-просветительскую работу.

Фондохранилище Великоустюгского музея-заповедника является единственным в Вологодской области, которое соответствует всем требованиям хранения музейных коллекций. За проект «Реставрация памятника архитектуры XIX и начала XX века "Усадьба Чебаевских" и создание Фондохранилища» творческий коллектив музея был удостоен государственной премии Вологодской области в сфере культуры и искусства в 2008 году.