Музей природы находится во флигеле главного здания, ранее принадлежавшего купцу Г.В. Усову. Экспозиция музея знакомит посетителей с флорой и фауной Русского Севера. В интерактивной части выставки под названием «Живое прошлое Земли» гости могут собрать макет скелета парейазавра, сложить пазлы, чтобы узнать, как выглядел дицинодонт, и поиграть в кубики, чтобы выяснить, какие животные обитали в ледниковый период. Здесь также можно попробовать себя в палеонтологических раскопках, обнаружив зуб мамонта, кость животного ледникового периода и различные окаменелости.