Музей подводной археологии в Феодосии является первым подобным учреждением не только в регионе, но и в России. Первые экспонаты современного музея были подняты со дна Черного моря в послевоенные годы и долгое время хранились в разных местах, не привлекая особого внимания. К концу XX века количество артефактов значительно увеличилось, что привело к созданию отдельного научного направления для их изучения.

Музей был основан в 2013 году и разместился в архитектурном памятнике федерального значения, даче Стамболи, построенной в начале XX века в испано-мавританском стиле. Управление музеем осуществляет Черноморский центр подводных исследований, уникальное учреждение, основанное в 2012 году для изучения подводного культурного наследия.

На сегодняшний день в России нет аналогов Музею подводной археологии. Здесь собраны артефакты, поднятые с черноморского дна в разное время. Коллекция музея насчитывает около 1000 экспонатов. На его базе действует центр реставрации, где найденные предметы восстанавливают вручную. Теперь фонды музея открыты для посещения не только археологами, но и обычными туристами.

В экспозиции музея представлены разнообразные морские сокровища: пантикапейские монеты, античные амфоры с клеймами изготовителей, якоря древнегреческих кораблей и средневековые кувшины. Большая часть коллекции состоит из предметов, найденных в затонувшем городе Акра, расположенном в районе Керчи. Это амфоры, бытовые предметы, изделия из камня, старинные боспорские монеты, свинцовые штоки, каменные якоря, гипсовые слепки саркофагов и украшения.

Залив Феодосии всегда считался опасным для судоходства из-за рифов, ураганных ветров и частых туманов, что часто приводило к кораблекрушениям. В музее хранится множество экспонатов, найденных после таких аварий: бытовые предметы, посуда, фрагменты античных и средневековых кораблей, а также пузырек с лекарством 1917 года.

На выставке представлены артефакты времен Крымской войны, в том числе вещи, найденные после крушения парусного судна «Принц» в 1854 году. Также здесь можно увидеть экспонаты времен Первой и Второй мировой войны: оружие, пулеметы, немецкие карты, личные вещи солдат, документы и редкие фотографии подводных объектов.

Музей регулярно проводит тематические выставки, посвященные различным событиям. Например, выставка «Крылья Победы» рассказывает о находках из штурмовика Ил-2, сбитого во время Крымской операции. К юбилею художника Ивана Айвазовского была организована тематическая экспозиция. Выставка «Глубокое погружение» посвящена истории освоения глубоководного мира и демонстрирует подводные аппараты.

На территории музея проходят конференции, встречи и симпозиумы, где обсуждаются результаты музейных сезонов и судьба экспонатов, найденных при строительстве моста и газопровода в Крым. Музей оснащен современными технологиями, включая виртуальную реальность.

Музей подводной археологии объединяет два музея в одном. Помимо подводных экспонатов, посетителей привлекают интерьеры дачи Стамболи, признанной памятником культурного наследия. Внутри здания находится не только выставочная территория, но и центр реставрации. Рядом расположены Музей рыбы и рыболовства, Музей Веры Мухиной и пляжи.

Музей находится в центре города на проспекте Айвазовского, недалеко от набережной. Ближайшая остановка общественного транспорта, «Листовничей», где проходят маршруты автобусов № 2, 2а, 4, 4д. От остановки нужно немного вернуться назад, пройти до улицы Ульянова и далее около 300 метров в сторону побережья мимо отеля «Reiss».