Музей был основан в 1939 году, но его развитие приостановилось во время войны. В 1947 году появился Музей норильского комбината МВД СССР, в котором были созданы отделы геологии, краеведения, истории открытия Норильского месторождения и строительства города. Изначально музей оставался закрытым, но в ноябре 1948 года было решено открыть постоянную выставку для широкой публики. В 1960 году музей переехал в новое здание и стал частью Дома техники. В 1964 году он лишился штата сотрудников, а в 1965 году был закрыт.

В 1971 году музей был восстановлен как Музей Норильского комбината. В 1984 году он получил статус государственного музея, что позволило активизировать работу по изучению и представлению подлинной истории Норильского комбината. В 2000 году музей переехал в новое здание, где открылась выставка «Норильское время».

В 2016 году музей был реорганизован путем объединения с Норильской художественной галереей. Теперь это основное здание Музейно-выставочного комплекса «Музей Норильска».