На месте современного села Клыково, на высоком берегу реки Серены, в древности проходил путь, по которому путешествовали хазары, татары и князья. Здесь также располагалось языческое городище, где проповедовал преподобный Кукша, известный русский просветитель до монгольского периода. Важно отметить и события, предшествующие строительству в Клыково храма в честь Нерукотворного Образа Господня.

В семи верстах от Клыково находится село Курыничи. В 1733 году благодаря усилиям господ Давыдовых, владевших тогда Курыничами, в селе была построена церковь. Однако в марте 1826 года она сгорела в результате пожара. От деревянного храма в Курыничах сохранились старинный Образ Спаса Нерукотворного и Евангелие, напечатанное при патриархе Андриане.

История появления этого образа Спасителя в Курыничском храме малоизвестна. По преданиям, он был принесен в Курыничи одним из родственников помещиков Шульгиных.

В 1820-х годах в Козельском уезде свирепствовала холера. По преданию, сохранившемуся у крестьян Клыково, во время эпидемии Образ Спасителя из Курыничей был принесен в Клыково. С крестным ходом его обнесли вокруг села, и холера, унесшая много жизней, постепенно ослабела и к 16 августа прекратилась. В благодарность Спасителю владелец Клыково, гвардии поручик Александр Федорович Полторацкий, построил новый каменный храм на месте старой деревянной церкви в честь святителя Николая. В 1829 году строительство завершилось, и храм был освящен в честь Господа Иисуса Христа, Нерукотворного Его Образа.

До начала XX века, вплоть до гонений на церковь, история Клыково была благополучной. Село славилось садами и питомником, основанным Василием Петровичем Златоустовским, который, женившись на помещице, получил в распоряжение 7 десятин сада и 20 десятин пашни. Он превратил сад в богатую коллекцию из 1500 сортовых деревьев и создал питомник, производивший до 40 тысяч саженцев яблонь и других плодовых деревьев ежегодно. Плоды из его сада выставлялись на различных выставках и получали награды, включая золотые медали.

С приходом советской власти начались гонения на Русскую Православную Церковь. Арестовывали и расстреливали священнослужителей и мирян, закрывали храмы и грабили монастыри. Свято-Введенская Оптина Пустынь не стала исключением. В 1923 году её храмы были запечатаны, а многие священнослужители арестованы.

В 1924 году, после разорения Оптиной Пустыни, часть братии поселилась в Клыково. Центром духовной жизни стал местный храм в честь Спаса Нерукотворного. С 1925 по 1935 годы здесь служил иеромонах Пантелеимон, о котором известно, что он был скитским монахом и был рукоположен в иеромонаха после революции. Жители Клыково вспоминали, как он собирал детей у церкви и причащал их, но однажды он не вышел к ним. В 1935 году Пантелеимон был арестован и в 1937 году расстрелян.

В 1937 году храм был закрыт. Весной 1991 года он был возвращен Церкви, но находился в плачевном состоянии. Здание использовалось как зернохранилище и мастерская, а после разрушения крыши, для хранения удобрений. При расчистке храма были найдены останки с повреждениями от оружия.

В 1993 году при храме было образовано Архиерейское подворье, а в 2001 году принято решение об открытии мужского монастыря Спаса Нерукотворного Пустыни. Храм был полностью восстановлен в 1999 году и освящен архиепископом Климентом. Сегодня монастырь действует, в его храмах ежедневно совершаются богослужения, и число насельников растет.