Музей был открыт на общественных началах в начале 1986 года в специально построенном здании. Благодаря усилиям краеведа З. Е. Протченко, совета ветеранов Великой Отечественной войны и неравнодушных жителей Мглинского района были собраны экспонаты и оформлены экспозиции «Мглин, древний город», рассказывающая об истории города, и экспозиция, посвящённая Великой Отечественной войне. Однако в конце года здание передали Брянской художественной галерее, а музей переместили в одну из учебных аудиторий СПТУ-37.

По решению администрации Мглинского района в 1998 году музей был воссоздан, а в 2003 году ему присвоили имя краеведа и основателя З. Е. Протченко. В декабре 2011 года было создано Муниципальное бюджетное учреждение «Мглинский районный краеведческий музей». Сейчас посетители могут увидеть экспозиции: «Археология», «Этнография», «Воинская слава», «Воины-интернационалисты», «Лучшие люди района» и «Художественная выставка».