Мемориальный музей академика Н.Д. Зелинского, выдающийся памятник истории российской науки, расположен в одном из зданий на "задней стороне" Старого Университета по Никитскому переулку. Это здание имеет двойной адрес: Моховая улица, д. 11, стр. 3 и Никитский переулок, д. 2, что связано с его принадлежностью к комплексу Старого Университета. Музей напоминает о значительных моментах в истории Московского Университета.

При основании Московского Университета в 1755 году М.В. Ломоносов включил в его состав Медицинский факультет, который быстро стал крупнейшим. В 1757 году для Университета была приобретена усадьба князя Репнина на Моховой, где позже был построен ансамбль под руководством М.Ф. Казакова. Во время Отечественной войны 1812 года он сильно пострадал, но был восстановлен в стиле московского ампира Д.И. Жилярди и А. Григорьевым.

Рост Медицинского факультета привел к тому, что его помещения оказались разбросаны по Москве. В 1884 и 1895 годах под руководством К.М. Быковского на Девичьем поле был построен Клинический городок Московского Университета. Однако часть факультета осталась на исторической территории Старого Университета, где в 1820-е годы был построен Анатомический театр.

Современное здание музея основано на корпусе, возведенном в 1836 году. Хотя нет точных данных о руководстве А.Г. Григорьева при его строительстве, предполагается, что он участвовал в проекте после отъезда Д. Жилярди в 1832 году. В 1887 году здание было реконструировано и надстроено А.С. Каминским, так как К.М. Быковский был занят строительством на Девичьем Поле.

На протяжении многих лет в этом здании размещались подразделения Химической лаборатории Университета и квартиры преподавателей. С 1893 по 1950 годы здесь жил академик Н.Д. Зелинский, известный химик, разработчик угольного противогаза, спасшего множество жизней в Первую мировую войну.

Зелинский поселился здесь после избрания профессором Университета. Музей был создан по инициативе его вдовы, Н.Е. Зелинской, художницы и ученицы М.В. Нестерова и Д.Н. Кардовского. В ходе реконструкции планируется сохранить планировочную структуру и обновить внутридворовые пространства, убрав малоценные постройки советского периода.