Первое упоминание о саратовском Крестовоздвиженском монастыре датируется 1680 годом. Он был основан при одноимённой церкви на Старособорной площади, построенной за несколько лет до этого, в начале строительства нового правобережного Саратова. В 1762 году была освящена каменная, тёплая церковь Параскевы Пятницы, но к началу XIX века монастырь, пострадавший от пожара, был закрыт и преобразован в приход.

30 ноября (12 декабря) 1829 года вышел указ о восстановлении монастыря на его историческом месте. Это решение было принято из-за отсутствия женского монастыря в городе, что затрудняло отправку осуждённых преступниц на покаяние и не позволяло Православной церкви эффективно бороться с распространением старообрядчества. В монастырский комплекс вновь вошли храмы Воздвижения Животворящего Креста Господня, освящённый в 1740 году и построенный на средства капитана В. Я. Суровцева, и мученицы Параскевы. В 1857 году в больничном корпусе была освящена третья церковь во имя святых Иакова и Пелагеи.

При монастыре были садовые участки на реке Гуселке, швейная и иконописная мастерские. В 1903 году Параскевинскую церковь заменила новая, во имя святителя Николая Чудотворца, с приделом святой великомученицы Параскевы. Она была построена на средства вдовы саратовского купца А. И. Семидетновой по проекту инженера Ю. Н. Терликова. В предреволюционные годы в монастыре насчитывалось 185 монахинь, 17 послушниц и временно проживающих, всего 351 человек.

В 1919 году монастырь был закрыт новыми властями, а все постройки переданы городу. Монашеская община сохранялась до 1927 года, когда была разогнана. В 1934 и 1939 годах обе церкви были разрушены, а жилые и хозяйственные постройки снесены в 1980-е годы при строительстве гостиницы "Словакия".

Сейчас от ограды бывшего монастыря сохранились только святые ворота. В июле 2008 года Епископ Саратовский и Вольский Лонгин освятил икону святителя Николая Чудотворца в обновлённой арке. Летом 2006 года в частично сохранившемся помещении монастыря была освящена церковь с престолом во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня.