Идея создания музея в Галиче начала обсуждаться вскоре после Октябрьской революции. Краеведы начали собирать экспонаты задолго до официального открытия музея. Особенно активным был Иван Васильевич Яблоков, руководитель галичской городской библиотеки и ученик историка В. И. Смирнова, председателя Костромского научного общества. С 1918 года Яблоков активно занимался сбором экспонатов для будущего музея, посещая разоренные усадьбы, закрытые церкви и монастыри, откуда вывозил книги, документы, оружие, мебель и портреты. Музей официально открылся 12 марта 1922 года на втором этаже здания по улице Луначарского, 11, построенного в 1914 году и ранее принадлежавшего купцу И. М. Нешпанову.

Несмотря на нехватку средств и персонала, музей постепенно пополнял свои коллекции. С 15 октября 1922 года при нем заработала библиотека с фондом около 2500 томов, в основном изданий конца XVII и первой половины XIX века.

11 апреля 1927 года городской совет выделил музею часть большого каменного здания в центре города, а 16 августа и 10 сентября того же года музей получил дополнительные помещения. 1 ноября 1927 года он открылся на новом месте по улице Свободы, 18.

К 1929 году в музее действовали отделы истории города, художественный, историко-бытовой, этнографический, древнерусского искусства, естественноисторический, доисторический, историко-революционный и промышленно-экономический. Также пополнялись книгохранилище, рукописный и фотоархивы, достигшие около 10 000 томов к 1929 году.

В 1930 году музей переехал в более просторное помещение на втором этаже бывшего особняка купца Нешпанова. Однако в конце 1920-х годов краеведческие исследования в Галиче были свернуты из-за гонений, и многие документы были утрачены.

В 1984 году музею передали отреставрированную церковь Богоявления XVII века, а в 1993 году, здание бывших лавок купца Нешпанова. В 2002 году храм был возвращен верующим, а музею предоставили оба этажа дома № 11 на улице Луначарского.